Việc này đã tạo điều kiện cho Công ty Lilama và Công ty TNHH MTV Apatit Việt Nam thực hiện khai thác và tiêu thụ trái phép hơn 1,5 triệu tấn quặng Apatit, tổng trị giá hơn 610 tỷ đồng, trong đó Công ty Lilama thu lợi số tiền hơn 171 tỷ đồng và Công ty Apatit thu lợi số tiền hơn 184 tỷ đồng.
Viện kiểm sát cho rằng, hành vi phạm tội này đã gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng đến uy tín của Nhà nước và xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức và cá nhân, cũng như gây ra sự mất cân đối trong công tác quản lý Nhà nước. Các bị can đều là người trực tiếp thực hiện hành vi phạm tội, phải chịu trách nhiệm hình sự tương ứng với cương vị công tác, chức trách nhiệm vụ được Đảng và Nhà nước giao.
Viện kiểm sát cho rằng, trong công tác quản lý Nhà nước thì bị can Nguyễn Văn Vịnh chịu trách nhiệm chính, các bị can Doãn Văn Hưởng, Nguyễn Thanh Dương, Lê Ngọc Hưng, Mai Đình Định, Phan Văn Cương, Ngô Đức Hoàng, Lê Ngọc Dương là người thực hành.
Cáo trạng cũng xác định hậu quả thiệt hại do hành vi phạm tội của từng bị can, cáo buộc trách nhiệm về thiệt hại đối với ông Nguyễn Văn Vịnh, Mai Đình Định, Lê Ngọc Dương, Ngô Đức Hoàng là 974 nghìn tấn quặng apatit, trị giá 312,6 tỷ đồng; Ông Doãn Văn Hưởng, Nguyễn Thanh Dương là gần 806,8 tấn trị giá 217 tỷ đồng; Ông Lê Ngọc Hưng hơn 118 tấn, trị giá 116,7 tỷ đồng; Ông Phan Văn Cương hơn 88 tấn, trị giá là 87 tỷ đồng.