Ngoài bị hại là BV Thủ Đức, tòa còn triệu tập 38 cá nhân, tổ chức có quyền và nghĩa vụ liên quan đến vụ án đến phiên xử, trong đó có UBND TP Thủ Đức, Sở Y tế TP.HCM…
Theo cáo trạng, để can thiệp thâu tóm toàn bộ gói thầu, Nguyễn Minh Quân (lúc này là Giám đốc BV Thủ Đức) đã chỉ đạo Nguyễn Văn Lợi (người làm thuê cho vợ chồng Quân) thành lập các công ty "sân sau" gồm: Nguyễn Tâm, Trung Dung, Thanh Vương SG và Ngọc Đạo.
Quân chỉ đạo Lợi giao cho nhân viên lập các hợp đồng mua bán khống, lòng vòng giữa các công ty này để nâng giá thiết bị máy móc. Sau đó, sử dụng ba công ty trong nhóm bốn công ty mà Lợi quản lý để nộp hồ sơ dự thầu với giá máy móc thiết bị đã được nâng khống. Khi làm hồ sơ tham gia đấu thầu, Lợi cố tình làm một hồ sơ có tiêu chí tốt hơn hai bộ còn lại, mục đích để một công ty trúng thầu.
Cáo trạng cũng xác định bị can Quân đã lợi dụng vị trí giám đốc, người đứng đầu bệnh viện để chỉ đạo, gây sức ép với nhân viên dưới quyền; đã “thông thầu, gian lận trong đấu thầu, không đảm bảo minh bạch trong hoạt động đấu thầu”.
Từ năm 2016 đến năm 2020, nhóm bốn công ty do Lợi quản lý đã tham gia đấu thầu và mặc định là đơn vị trúng 27/28 gói thầu tại BV Thủ Đức, tổng giá trị hơn 345,2 tỉ đồng. Sau khi trừ đi giá mua và các chi phí số tiền bị can Quân chiếm đoạt là 103,6 tỉ đồng.
Để che giấu nguồn tiền đã chiếm đoạt, Quân chỉ đạo Lợi rút tiền mặt, chuyển khoản vào tài khoản của Quân và bị can Diễm hoặc chuyển khoản trực tiếp vào tài khoản của công ty mà vợ chồng Quân mua nhà đất.
Đối với bị can Nguyễn Trần Ngọc Diễm, theo cáo trạng, Diễm đã yêu cầu Lợi chuyển hơn 67,9 tỉ đồng cho mình. Trong đó, Quân và Diễm sử dụng 51,7 tỉ đồng mua bất động sản.