Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện công vụ, bị can này đã lợi dụng vị trí công tác giúp Công ty Lữ Hành Việt, Công ty ATA, Investco được phê duyệt nhiều chuyến bay giải cứu trong dịch Covid-19 khi chưa có sự thống nhất, đề xuất của Tổ công tác 5 bộ.
Trên cương vị công tác, ông Linh đã giúp các công ty trên được phê duyệt gần 30 chuyến bay giải cứu, chuyến bay combo trong thời điểm dịch Covid-19. Kết quả điều tra xác định ông Nguyễn Quang Linh đã nhận hối lộ của Công ty Lữ Hành Việt và bị can Nguyễn Mai Anh tổng số tiền 180.000 USD và 100 triệu đồng, tương đương hơn 4,2 tỷ đồng.
Với hành vi này, bị can Nguyễn Quang Linh bị truy tố truy tố tội Nhận hối lộ theo điểm a khoản 4 điều 354 Bộ Luật hình sự, có mức án từ 20 năm, tù chung thân hoặc tử hình.
Theo cáo trạng, trong vụ án này, bị can Nguyễn Quang Linh và gia đình đã nộp khắc phục số tiền hơn 4,47 tỷ đồng để khắc phục hậu quả. Trong quá trình điều tra, bị can Nguyễn Quang Linh đã thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, tích cực hợp tác với cơ quan có trách nhiệm trong việc giải quyết vụ án.
Chính vì thế bị can Nguyễn Quang Linh được đề nghị áp dụng các tình tiết giảm nhẹ định khung, đó là điểm b, s, t khoản 1 điều 51 Bộ Luật hình sự (Người phạm tội tự nguyện sửa chữa, bồi thường thiệt hại hoặc khắc phục hậu quả; Người phạm tội thành khẩn khai báo hoặc ăn năn hối cải; Người phạm tội tích cực giúp đỡ các cơ quan có trách nhiệm phát hiện hoặc điều tra tội phạm).