Dự thảo Luật cũng bổ sung quy định "Cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế suất thuế VAT 5% nếu có số thuế VAT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ ba trăm triệu đồng trở lên sau 12 tháng hoặc 04 quý" thì được hoàn thuế VAT.
Dự thảo quy định rõ dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT là "dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định) đang trong giai đoạn đầu tư".
Bổ sung quy định "dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế và có số thuế chưa được khấu trừ còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT" để Luật hóa quy định đang thực hiện ổn định tại Nghị định số 49/2022/NĐ-CP.
Ngoài ra, Dự thảo Luật bỏ quy định không được hoàn thuế VAT đối với:
(i) Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu không được hoàn VAT;
(ii) Hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với một số trường hợp hàng hóa xuất khẩu theo quy định của Luật quản lý thuế.
Bổ sung nguyên tắc xác định thuế VAT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được hoàn để Luật hóa quy định này đang thực hiện ổn định tại văn bản dưới Luật.
Bỏ quy định về hoàn thuế VAT đối với trường hợp doanh nghiệp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chấm dứt hoạt động.
Bổ sung quy định về trách nhiệm của cơ quan thuế trong xử lý hồ sơ đề nghị hoàn thuế VAT như sau: Cơ quan thuế chịu trách nhiệm về tính hợp lệ của hồ sơ đề nghị hoàn thuế VAT.
Người nộp thuế chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực, đầy đủ của hồ sơ đề nghị hoàn thuế VAT và vi phạm (nếu có) của người nộp thuế liên quan đến số tiền đề nghị hoàn thuế…