Theo Dự thảo quy hoạch TP Thủ Đức đến năm 2040, thành phố dự kiến sẽ quy hoạch hai bến xe liên tỉnh, 5 bến xe hàng, hai bến xe buýt và 5 bãi kỹ thuật kỹ thuật xe buýt theo quy hoạch.
Theo quy hoạch, có ba tuyến đường sắt liên vùng đi qua TP Thủ Đức gồm tuyến đường sắt Trảng Bom - Hòa Hưng; đường sắt tốc độ cao Sài Gòn - Nha Trang và tuyến đường sắt nhẹ Thủ Thiêm - Cảng hàng không quốc tế Long Thành.
