Bãi bố trí tại khu đất dự trữ C, phía bắc đường cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây (bố trí cùng với bến xe sông Tắc). Lô đất có thể tích hợp xây dựng công trình hỗn hợp thương mại dịch vụ và nhà ở phía trên, dành không gian mặt đất bố trí bãi kỹ thuật đảm bảo yêu cầu.
Bãi bố trí tại khu Rạch Vĩnh Bình thuộc phường Tam Bình - Hiệp Bình Chánh, vị trí tiếp giáp đường số 12 và rạch Gò Dưa, phường Tam Phú (Bố trí tích hợp với depot Tam Đa).
Bãi xe buýt Linh Đông tại vị trí tiếp giáp đường Kha Vạn Cân, gần đường số 42, phường Linh Đông, quận Thủ Đực (Bố trí tích hợp với depot Tam Đa).
Bên cạnh đó, TP Thủ Đức còn dự kiến quy hoạch các bến xe hàng bao gồm bến xe hàng tại Khu công nghiệp Cát Lái - cụm II - phường Thạnh Mỹ Lợi; khu dịch vụ cảng và dân cư Cát Lái - phường Cát Lái. Giữ nguyên vị trí và quy mô hiện trạng 87 ha.
Bến xe hàng trong khu đô thị mới Tam Đa - phường Long Trường, Trường Thành và tại khu Cảng Bến Nghé, phường Phú Hữu. Đây cũng là các trung tập chuyển tiếp hàng hóa của khu vực. Giữ nguyên vị trí và quy mô hiện trạng 37 ha.
Bố trí các bến xe hàng Thủ Đức 1 - hiện trạng là bãi đỗ xe của chợ đầu mối nông sản Thủ Đức phường Tam Bình có quy mô 12 ha.
Hai bến hàng hóa gồm bến hàng hóa quy mô 50 ha trong khu bảo thuế - khu Công nghệ cao, phường Tăng Nhơn Phú B. Bến hàng hóa nằm trong khu Công nghệ cao, có chức năng là kho thông quan nội địa.
Một bến hàng hóa quy mô khoảng 9,6 ha trong đất công nghiệp tại phường Linh Xuân, quận Thủ Đức, có chức năng là kho thông quan nội địa.