Thủ Thiêm là trung tâm, khuyến khích tăng dân số ở quỹ đất chưa xây dựng; phát triển thêm đô thị mới quanh khu Công viên Tam Phú; bổ sung khu đô thị dịch vụ logistic ở khu vực cảng Cát Lái; phát triển đô thị mới tại các khu vực còn quỹ đất có thể chuyển đổi ở phía nam khu Trường Phú; chủ yếu xây cao tầng ở ven sông khu vực Long Phước - Tam Đa... là một số định hướng phát triển theo dự thảo quy hoạch TP Thủ Đức đến năm 2040.
Theo Dự thảo quy hoạch TP Thủ Đức đến năm 2040, thành phố dự kiến sẽ quy hoạch hai bến xe liên tỉnh, 5 bến xe hàng, hai bến xe buýt và 5 bãi kỹ thuật kỹ thuật xe buýt theo quy hoạch.
Theo quy hoạch, có ba tuyến đường sắt liên vùng đi qua TP Thủ Đức gồm tuyến đường sắt Trảng Bom - Hòa Hưng; đường sắt tốc độ cao Sài Gòn - Nha Trang và tuyến đường sắt nhẹ Thủ Thiêm - Cảng hàng không quốc tế Long Thành.
