Tuy nhiên, bên cạnh đó cũng còn những khó khăn nhất định như: Trên thực tế, ICT chưa được đồng đều ở nhiều nơi, tại một số huyện vùng sâu, vùng xa cơ sở hạ tầng ICT chưa phát triển, các thiết bị phần cứng cũ kỹ và lạc hậu không đáp ứng được yêu cầu về cấu hình để thực hiện cài đặt các phần mềm ứng dụng mới Kỹ năng sử dụng các ứng dụng phần mềm E – learning, kỹ năng khai thác học liệu của người học cũng không đồng đều, một số người học học tập khá nhiều khó khăn trong quá trình tham gia học tập tính tương tác giữa người dạy với người học giảm ảnh hưởng tới tinh thần nỗ lực của người học người học rơi vào cảm giác đơn độc và dễ bị bỏ cuộc.
Theo TS. Nguyễn Tiến Duy, giảng viên Trường Đại học Kỹ thuật Công nghiệp (ĐH Thái Nguyên) để phát huy tối đa hiệu quả việc ứng dụng phần mềm E-learning trong học tập, người học cần sử dụng thành thạo phần mềm ứng dụng web Elearning để khai thác mở rộng nguồn học liệu, kết hợp liệu được cung cấp theo học phần khi tham gia học tập cần nắm rõ lịch học và các quy định có phẩm chất cá nhân, chủ động tích cực trong học tập.
Bên cạnh đó, mỗi giảng viên giảng dạy ngoài các kỹ năng khi tương tác với phần mềm E learning giảng viên cần có những định hướng tốt cho học viên học tập trong tương tác, hỏi đáp với học viên cần có câu trả lời kịp thời để người học không có cảm giác chờ đợi mà dễ dẫn đến chán nản bỏ cuộc, ngoài trả lời trực tiếp các câu hỏi của học viên giảng viên cần mở rộng vấn đề gợi ý cho học viên tự tìm hiểu cung cấp thêm các nguồn học liệu mới để cuốn hút học viên học tập.
Đồng thời, học viên tham gia khóa học của một phần, học viên được cung cấp đầy đủ các học liệu như đề cương chi tiết bài giảng tích bài giảng đa phương tiện slide, audio, video… bài tập, ngân hàng câu hỏi, tài liệu tham khảo phần mềm. Tuy nhiên, giảng viên cần cung cấp nguồn học liệu mở rộng như web link cho học viên để bài học càng trở nên thú vị, cuốn hút người học vào quá trình tự học, tự nghiên cứu, học liệu mở rộng càng đa dạng phong phú và trực quan.