Còn theo diễn biến tại tòa, đại diện Viện kiểm sát khi nêu quan điểm luận tội đã kiến nghị cơ quan chức năng tiếp tục điều tra trách nhiệm của một Thứ trưởng Bộ Y tế trong giai đoạn hai của vụ án.
Theo Viện kiểm sát, trong vụ án chuyến bay giải cứu, vị Thứ trưởng Bộ Y tế nêu trên là người ký công văn chấp thuận với Bộ Ngoại giao duyệt cấp phép các chuyến bay. Trong khi, bị cáo Phạm Trung Kiên, cựu thư ký của Thứ trưởng, bị cáo buộc là người nhận số tiền hối lộ nhiều nhất với 253 lần, tổng số tiền hơn 42 tỷ đồng.
Đại diện Viện kiểm sát nhận định, với vai trò là thư ký, được Bộ Y tế giao nhiệm vụ giúp việc cho Thứ trưởng, song lợi dụng việc nhận giấy tờ cấp phép các chuyến bay, Phạm Trung Kiên đã "làm khó", buộc các doanh nghiệp phải chi hối lộ.
Một tình tiết khác phát sinh trong quá trình xét xử cũng được Viện kiểm sát đề cập là trường hợp bà Ngô Thị Lan Phương (chị gái của bị cáo Ngô Quang Tuấn - nguyên chuyên viên Vụ Hợp tác Quốc tế, Bộ Giao thông vận tải) đã giao nộp cho HĐXX một tập chứng cứ là tài liệu tin nhắn trao đổi giữa bà Phương và bị cáo Nguyễn Thị Tường Vy (Giám đốc Công ty ATA) thể hiện giao dịch dân sự (vay mượn và góp vốn mua đất) giữa bị cáo Vy và bà Phương, chứ không phải tiền Vy đưa hối lộ cho Tuấn thông qua bà.
“Xét thấy, hành vi của Ngô Thị Lan Phương có dấu hiệu của tội che giấu tội phạm, cần tiếp tục điều tra làm rõ trong giai đoạn hai của vụ án” đại diện Viện kiểm sát nêu.
Phần thẩm vấn công khai tại phiên tòa, đại diện Viện Kiểm sát cũng nhận thấy, một số bị cáo có dấu hiệu của tội rửa tiền nên đề nghị tiếp tục điều tra làm rõ.