Trong năm 2018 và 2019, vì động cơ vụ lợi, Nam đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, lợi dụng việc buông lỏng quản lý của bà Trần Thị Thu Huyền (thời điểm đó là Hiệu trưởng trường Tiểu học Quyết Thắng - chủ tài khoản) nên có 16 lần lập khống chứng từ kế toán để rút tiền ngân sách Nhà nước, chiếm đoạt 44,5 triệu đồng tiêu xài cá nhân.
Hội đồng xét xử đã tuyên phạt Lê Vĩnh Nam 3 năm tù về tội tham ô tài sản, đồng thời nhận định trong quá trình thực hiện nhiệm vụ hiệu trưởng, bà Huyền thiếu trách nhiệm trong điều hành, kiểm tra, giám sát việc thu, chi tài chính dẫn đến sai phạm của kế toán Lê Vĩnh Nam, gây thiệt hại ngân sách Nhà nước.
Tuy nhiên, số tiền gây thiệt hại tài sản chưa đủ yếu tố cấu thành tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng nên không truy cứu trách nhiệm hình sự với bà Huyền.
Ngoài ra, bà Huyền còn một số sai phạm khác trong lập khống chứng từ kế toán nhưng không gây thiệt hại ngân sách. Do đó, Cơ quan cảnh sát điều tra Công an huyện Vĩnh Linh chuyển hồ sơ đến UBND huyện Vĩnh Linh để xử phạt hành chính.