Theo cơ quan điều tra, từ năm 2017 lợi dụng chức vụ quyền hạn của mình, Lê Văn Kỳ, Phạm Bình Minh và Lò Văn Thành chỉ đạo, thực hiện lập hồ sơ chuyển mục đích, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất khu đất xây dựng khách sạn Đồng Tâm và khu đất xây dựng Cửa hàng xăng dầu Tuấn Trung, tại Tiểu khu I, thị trấn Bắc Yên, huyện Bắc Yên, tỉnh Sơn La từ đất dịch vụ thương mại trúng đấu giá thuê 70 năm của Nhà nước sang đất ở lâu dài cho người thân, quen trái quy định; vi phạm về các hành vi bị nghiêm cấm theo Luật đất đai năm 2013, gây thiệt hại đến tài sản Nhà nước.
Hành vi của Lê Văn Kỳ và 2 đồng phạm đủ yếu tố cấu thành tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn khi thi hành công vụ”, quy định tại Khoản 3, Điều 356 Bộ Luật hình sự.
Các quyết định tố tụng đã được Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La phê chuẩn và được thi hành đúng quy định của pháp luật. Hiện vụ án đang được điều tra mở rộng.