Ngay sau khi UEFA bốc xong, một vài CLB đã khiếu nại. Atletico, Man Utd đề nghị UEFA giải thích về những sai lầm này. Còn Villarreal thậm chí đòi được bốc lại. Phía Real Madrid không chịu vì họ được bốc ở cặp đầu tiên, khi UEFA chưa mắc sai lầm.
Sau gần một tiếng thảo luận, UEFA quyết định bốc lại vào 21h cùng ngày. Kết quả chia cặp trước đó đều bị huỷ. Phía Real cho rằng quyết định của UEFA là "bê bối", còn HLV Pep Guardiola cho rằng "không bốc lại mới là bất công".
UEFA lý giải rằng lỗi xuất phát từ một công ty phần mềm mà họ đã thuê để thực hiện lễ bốc thăm. Heselschwerdt sẽ dựa vào tín hiệu từ phần mềm đó để chọn bóng từ rổ. "Đây là vấn đề kỹ thuật từ nhà cung cấp dịch vụ phần mềm bên ngoài. Họ chỉ dẫn cho người tiến hành bốc thăm biết cách chọn những đối thủ phù hợp cho đội đã được bốc. Điều đó dẫn tới sai lầm trong buổi bốc thăm", UEFA thông báo.
Đến 21h, Marchetti giải thích sai lầm, và tiến hành bốc lại với nhân sự cũ. Lần này Heselschwerdt chờ Marchetti kể hết các đội phù hợp với đội đã được bốc, ông mới lấy bóng từ các rổ. Không còn sai lầm nào từ phía UEFA ở lượt bốc lại.
Kết quả bốc thăm cuối cùng: Salzburg - Bayern, Sporting Lisbon - Man City, Benfica - Ajax, Chelsea - Lille, Atletico - Man Utd, Villarreal - Juventus, Inter - Liverpool, PSG - Real Madrid.