Được thành lập từ ngày 21/4/2020, Ban Quản lý KKT Vân Đồn trực thuộc UBND tỉnh Quảng Ninh và có thời gian thực hiện thí điểm là 3 năm. Ban lãnh đạo Ban Quản lý KKT Vân Đồn gồm một Trưởng ban, do một Phó chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ninh đảm nhiệm, một Phó Trưởng ban thường trực và một Phó ban do Chủ tịch UBND huyện Vân Đồn kiêm nhiệm.
Về phương án dừng thí điểm mô hình Ban Quản lý KKT Vân Đồn (thực hiện sau khi được sự đồng ý của Chính phủ, Thủ tướng Chính phú), sẽ tiến hành rà soát, chuyển toàn bộ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của đơn vị này về Ban Quản lý KKT Quảng Ninh.
Về nhân sự, đối với một Phó Trưởng Ban chuyên trách hiện nay của Ban Quản lý KKT Vân Đồn sẽ do Ban Thường vụ Tỉnh uỷ quyết định điều động, bổ nhiệm về cơ quan, đơn vị khác theo quy định hiện hành, phân cập quản lý cán bộ của tỉnh.
Số lượng lãnh đạo các phòng chuyên môn, đơn vị trực thuộc Ban cơ bản giữ nguyên trạng số hiện có tại thời điểm sáp nhập và có lộ trình sắp xếp số lượng cấp phó theo đúng quy định của Trung ương, quy định của tỉnh. Các biên chế, công chức, viên chức, lao động hợp đồng khác cũng sẽ được điều chuyển về Ban Quản lý KKT Quảng Ninh trên cơ sở phù hợp với yêu cầu nhiệm vụ, vị trí việc làm…
Báo cáo của UBND tỉnh Quảng Ninh ghi nhận, trong 3 năm hoạt động thí điểm của Ban Quản lý KKT Vân Đồn, công tác thu hút đầu tư có nhiều khởi sắc hơn so với trước đó. Cụ thể, đã thu hút thêm được hơn 37.826 tỷ đồng vốn đầu tư ngoài ngân sách, gấp 1,5 lần so với số vốn đăng ký trong giai đoạn trước đây cộng lại.
Việc triển khai công tác lập quy hoạch được quan tâm, có hiệu quả; đã tổ chức triển khai lập 12 đồ án quy hoạch phân khu quan trọng. Trong đó đã có 9 đồ án quy hoạch phân khu được phê duyệt; 3 đồ án quy hoạch phân khu đã phê duyệt nhiệm vụ và đang tổ chức lập, trình duyệt; đã lập, phê duyệt các đồ án quy hoạch chi tiết làm cơ sở thu hút các dự án đầu tư mới.
Báo cáo cũng nêu rõ, trong quá trình hoạt động cũng bộc lộ những khó khăn, hạn chế. Cụ thể, Ban Quản lý KKT Vân Đồn chưa được phân cấp, uỷ quyền mạnh, mang tính chất “thí điểm” nên chức năng, nhiệm vụ thực hiện tương tự như các Ban Quản lý Khu kinh tế khác. Ngoài ra, KKT Vân Đồn nằm trên địa bàn giáp biên giới, có nhiều diện tích rừng, diện tích biển đảo nhưng lại chưa có chính sách ưu đãi đặc thù, nổi trội để tạo động lực thu hút đầu tư; cơ sở hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng dịch vụ chưa đầy đủ dẫn đến chất lượng, hiệu quả thu hút đầu tư chưa đáp ứng yêu cầu phát triển theo chiều sâu, chưa thu hút được nhà đầu tư có tiềm lực vào triển khai các dự án động lực.