Về lộ trình tuyển sinh và đào tạo của Trường THCS-THPT Trần Đại Nghĩa, từ thời điểm được thành lập (năm học 2024-2025) trở đi, nhà trường tiếp tục đào tạo học sinh cấp THCS của Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa; tuyển sinh và đào tạo học sinh cấp THCS và THPT.
Đối với công tác nhân sự, Sở GD&ĐT TPHCM đề xuất phương án từ đầu năm học 2024-2025, hiệu trưởng và 3 hiệu phó, đội ngũ giáo viên và nhân viên Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa chịu trách nhiệm tổ chức hoạt động của Trường THCS-THPT Trần Đại Nghĩa.
Trong năm học 2024-2025 đến hết 2026-2027, bổ nhiệm mới vị trí hiệu trưởng và 1 hiệu phó; điều động 1 hiệu phó từ Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa sang Trường THCS-THPT Trần Đại Nghĩa nhằm đảm bảo số lượng phó hiệu trưởng theo quy định.
Tiếp tục sử dụng đội ngũ giáo viên hiện có của Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa (đội ngũ giáo viên liên trường) để duy trì chất lượng đào tạo cho Trường THCS-THPT Trần Đại Nghĩa. Rà soát sắp xếp lại đội ngũ viên chức (thư viện, thiết bị giáo dục, cán bộ làm công tác tư vấn cho học sinh, văn thư, kế toán, thủ quỹ, y tế trường học) của Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa để chuyển công tác đối với các trường hợp thừa và tuyển dụng mới cho Trường THCS-THPT Trần Đại Nghĩa nhưng vẫn đảm bảo không làm tăng biên chế số lượng người làm việc được giao.
Từ năm học 2027-2028 trở đi, Sở GD&ĐT TPHCM sẽ tính toán chia đội ngũ giáo viên Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa sang Trường THCS-THPT Trần Đại Nghĩa sao cho cả 2 trường đáp ứng cơ bản định mức số lượng người làm việc và đảm bảo không làm tăng biên chế số lượng người làm việc được giao.
Theo Sở GD&ĐT TPHCM , sau khi được thành lập, Trường THCS-THPT Trần Đại Nghĩa tiếp tục thực hiện chương trình THCS, THPT và các mô hình khác, đáp ứng được nhu cầu, nguyện vọng của học sinh, phụ huynh về việc thụ hưởng chất lượng giáo dục của nhà trường. Phương án này không gây biến động lớn về việc sắp xếp, tổ chức cơ cấu, nhân sự việc tổ chức và thực hiện chương trình giáo dục và vẫn tiếp tục khai thác được thế mạnh của nhà trường trong việc đào tạo học sinh cấp THCS.
Cũng theo Sở GD&ĐT TPHCM, sau khi chia tách, Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa vẫn tổ chức và hoạt động theo quy định pháp luật hiện hành nên đánh giá của xã hội đối với cấp THPT ít biến động về một đơn vị trường đào tạo học sinh chất lượng cao của thành phố; giữ được sức hút trong công tác tuyển sinh vào lớp chuyên ở cấp THPT; giúp phát huy thế mạnh của nhà trường về bồi dưỡng học sinh giỏi và giáo dục toàn diện và học sinh chuyên có điều kiện khi tham gia xét tuyển, xin học bổng, tham gia giao lưu học thuật quốc tế...