Cùng với đó, tổ chức lãnh thổ khu vực nông thôn gắn với quá trình đô thị hóa của tỉnh và đặc điểm kinh tế - xã hội của từng địa phương.
Việc sắp xếp, bố trí không gian phát triển nông thôn bảo đảm tiết kiệm quỹ đất, chi phí đầu tư cơ sở hạ tầng, cải thiện điều kiện vật chất cho người dân, gắn với các vùng sản xuất nông nghiệp tập trung, nâng cấp mô hình làng, xã, bản, tạo thuận lợi trong sản xuất và có tính lâu dài, tránh các vùng có nguy cơ sạt lở cao, vùng thường xảy ra lũ ống, lũ quét.
Về phương án quy hoạch xây dựng vùng liên huyện, quy hoạch phân vùng không gian liên huyện của tỉnh thành 5 vùng, gồm vùng 1, liên huyện trung tâm, gồm TP Thanh Hóa, TP Sầm Sơn và các huyện Quảng Xương, Đông Sơn, Hoằng Hóa; vùng 2 gồm các huyện Thọ Xuân, Triệu Sơn, Yên Định, Thiệu Hóa, Thường Xuân.
Vùng 3 gồm TX Bỉm Sơn và các huyện Hà Trung, Nga Sơn, Hậu Lộc, Thạch Thành, Vĩnh Lộc; vùng 4 gồm TX Nghi Sơn và các huyện Như Thanh, Như Xuân, Nông Cống; vùng 5 gồm các huyện Ngọc Lặc, Lang Chánh, Cẩm Thủy, Bá Thước, Quan Hóa, Quan Sơn, Mường Lát.