Phó Thủ tướng Lê Minh Khái làm Trưởng Ban Chỉ đạo.
Các Ủy viên Ban Chỉ đạo bao gồm lãnh đạo: Bộ Kế hoạch và Đầu tư (Ủy viên Thường trực), Bộ Tài chính, Bộ Công Thương, Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Bộ Thông tin và Truyền thông, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Tư pháp, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Văn phòng Chính phủ, UBND TPHCM, UBND thành phố Đà Nẵng.
Ban Chỉ đạo có trách nhiệm tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành trong quá trình xây dựng đề án.
Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, đề cao trách nhiệm của Trưởng ban Chỉ đạo và từng thành viên Ban Chỉ đạo trong việc nghiên cứu, đề xuất phương hướng, nhiệm vụ, giải pháp xây dựng và triển khai Đề án Trung tâm tài chính khu vực và quốc tế, bảo đảm khả thi, hiệu quả, phù hợp với tình hình thực tiễn để khai thác tối đa tiềm năng, lợi thế của Việt Nam nói chung và các TPHCM, thành phố Đà Nẵng nói riêng.