Hồ sơ vụ án thể hiện, Công ty Yên Phước đăng ký kinh doanh từ năm 2012 với vốn điều lệ 100 tỉ đồng, do bà Châu Thị Mỹ Linh là Tổng giám đốc. Doanh nghiệp này được UBND tỉnh Thái Nguyên cấp phép khai thác than trong khu 59 ha ở Mỏ than Minh Tiến đến giữa năm 2031 với trữ lượng hơn 136.000 tấn, công suất 8.500 tấn một năm.
Sau khi được cấp phép, bị cáo Linh giao cho nhiều người đảm nhiệm công việc ở mỏ than. Từ năm 2018, Yên Phước bắt đầu khai thác bằng hình thức lộ thiên như nổ mìn, đào xúc, sàng tuyển để xé lẻ đi tiêu thụ. Tuy nhiên, một vài tháng sau khi tự khai thác, bị cáo Linh bán lại toàn bộ mỏ cho Công ty Đông Bắc Hải Dương của hai anh em sinh đôi Bùi Hữu Thanh và Bùi Hữu Giang.
Theo thỏa thuận, Đông Bắc Hải Dương mua toàn bộ số than của Yên Phước đã khai thác tại mỏ với giá gần 10 tỉ đồng và toàn bộ máy móc giá 15 tỉ đồng. Đồng thời, được tiếp tục khai thác mỏ Minh Tiến với công suất tối thiểu là 400.000 tấn một năm (tức là gấp 47 lần trữ lượng cấp phép). Ngoài việc phải tự đầu tư máy móc, nhân công, Đông Bắc Hải Dương phải trả lợi nhuận cho Công ty Yên Phước theo tấn sản phẩm khai thác là 150.000 đồng/1 tấn than, 90.000 đồng/1 tấn bã sàng và 50.000 đồng/1m3 đá đen.
Cơ quan tố tụng cho rằng để đưa than khai thác trái phép đi tiêu thụ, Đông Bắc Hải Dương đã hợp thức hóa đầu vào bằng cách mua hóa đơn giá trị gia tăng của các doanh nghiệp tại Nam Định.
Theo bên truy tố, bà Linh, hai anh em Thanh, Giang cùng đồng phạm đã khai thác thực tế 3,1 triệu tấn than và khoáng sản đi kèm, trong khi tổng sản lượng được cấp phép chỉ hơn 136.000 tấn.
Nhóm này đã tiêu thụ hơn 1,1 triệu tấn, 330.000 m3 bã sàng và 95.000 m3 đá đen với tổng giá trị 174 tỉ đồng; còn lại 1,5 triệu tấn chưa kịp tiêu thụ thì bị phát hiện, thu giữ.
Trong vụ án, anh em Giang và Thanh là cổ đông góp vốn, là người trực tiếp chỉ đạo chung các hoạt động của Công ty Đông Bắc Hải Dương. Hai bị cáo thỏa thuận với bà Linh và trực tiếp chỉ đạo các hoạt động khai thác than trái phép, nên phải chịu trách nhiệm với vai trò chủ mưu.
Bà Linh bị cáo buộc thu lời bất chính 151 tỉ đồng; anh em Thanh và Giang thu lợi hơn 213 tỉ đồng.
Để xảy ra việc khai thác trái phép mỏ than Minh Tiến, cơ quan tố tụng xác định có một số cựu lãnh đạo tại Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Thái Nguyên đã có nhiều vi phạm, trong đó, tại 4 lần kiểm tra, các sai phạm của nhóm khai thác lậu đều bị bỏ qua.
Bên cạnh đó, một số cựu lãnh đạo Sở Công Thương cũng vi phạm trong việc thẩm định, tham mưu và ký ban hành Giấy phép sử dụng vật liệu nổ công nghiệp vượt quá khối lượng được phê duyệt trước đó, "tạo điều kiện" cho doanh nghiệp có vật liệu nổ công nghiệp để sử dụng khai thác than trái phép.
Đáng chú ý, bị cáo Nguyễn Ngô Quyết (cựu Giám đốc Sở Công Thương) khai đã nhận 100 triệu đồng từ Châu Thị Mỹ Linh để tổ chức Đại hội Liên đoàn Bóng bàn tỉnh Thái Nguyên, do Quyết làm Chủ tịch Liên đoàn. Số tiền này giai đoạn xét xử ghi nhận bị cáo đã nộp cho cơ quan điều tra.