Trong các năm qua, nhà trường đã triển khai tốt các nhiệm vụ được giao cho trường trung học phổ thông chuyên, thực hiện tốt chương trình giáo dục phổ thông do Bộ trưởng GD&ĐT ban hành, các nhiệm vụ chuyên môn được triển khai từ Sở GD&ĐT.
Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ có quy định về quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các đơn vị sự nghiệp công lập có nêu rõ nguyên tắc thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm được áp dụng đối với các nhiệm vụ được giao; Điều lệ trường trung học cơ sở, trung học phổ thông và trường phổ thông có nhiều cấp học được ban hành kèm theo Thông tư 32/2020/TT-BGDĐT ngày 15/9/2020 của Bộ GD&ĐT, nêu rõ việc thực hiện các hoạt động về đảm bảo chất lượng giáo dục, đánh giá và kiểm định chất lượng giáo dục theo quy định của Bộ GD&ĐT.
Do vậy, việc phối hợp tổ chức thực hiện các bài thi (chuẩn hóa bằng tiếng Anh các môn Toán học, Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Ngôn ngữ, Lịch sử, Địa lý, Tâm lý, Nghệ thuật, Nghiên cứu khoa học…) của kỳ thi AP của College Board, Hoa Kỳ tại Trường Phổ thông Năng khiếu trong thời gian từ ngày 1 đến 12/5/2023 là chưa phù hợp với các nhiệm vụ được giao của trường trung học phổ thông chuyên.
Lãnh đạo Sở GD&ĐT TPHCM đề nghị Trường Phổ thông Năng khiếu thực hiện đúng Quy chế hoạt động của Đại học Quốc gia TPHCM, các quy định của Bộ GD&ĐT trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, hoạt động của nhà trường.