Học phí của các hệ đào tạo khác cũng thay đổi, trong đó văn bằng 2 chính quy, văn bằng một vừa làm vừa học... sẽ thu không vượt quá 1,5 lần. Bậc thạc sĩ không vượt quá 1,5 lần mức trần học phí chương trình đào tạo chuẩn trình độ đại học theo từng nhóm ngành, bậc tiến sĩ không vượt quá 2,5 lần.
Cũng trong nội dung được tự chủ về nhân sự, nhà trường thành lập, sáp nhập, chia, tách, giải thể các đơn vị thuộc trường, cũng như bổ nhiệm, miễn nhiệm, cho thôi các chức danh quản lý do trường quản lý.
Bên cạnh đó, nhà trường sẽ quyết định các chế độ, chính sách thu hút, đãi ngộ, đào tạo, bồi dưỡng, khen thưởng đối với viên chức và người lao động; quyết định về chính sách thu nhập của người lao động trong trường; tuyển dụng, ký kết, chấm dứt hợp đồng lao động với người lao động trong và ngoài nước; bổ nhiệm, sử dụng người lao động quá độ tuổi lao động (theo quy định Nhà nước) để thực hiện nhiệm vụ đào tạo, nghiên cứu khoa học và quản lý theo nhu cầu của nhà trường.
Cũng theo đề án, trường sẽ tự chủ về cơ sở vật chất được khai thác các cơ sở vật chất đã đầu tư để liên kết đào tạo, làm các dịch vụ khoa học, liên doanh, liên kết trong các hoạt động phù hợp với chức năng nhiệm vụ của trường.
Trường ĐH Khoa học xã hội và nhân văn là trường thứ 5 trong hệ thống ĐH Quốc gia TPHCM thực hiện tự chủ sau các trường ĐH Bách khoa, trường ĐH Quốc tế, trường ĐH Kinh tế - Luật và trường ĐH Công nghệ thông tin.