Trường ĐH Cần Thơ hiện có 5 trường (Trường Nông nghiệp, Trường Kinh tế, Trường Công nghệ Thông tin và Truyền thông, Trường Bách khoa, Trường Thủy sản), có 10 Khoa, 17 Trung tâm, 14 phòng ban, 3 Viện, 1 Công ty và Trường THPT Thực hành Sư phạm.
Về nhân sự, trường có 1.845 viên chức, người lao động, trong đó có 18 Giáo sư, 163 Phó Giáo sư, 589 Tiến sĩ, 691 Thạc sĩ với năng lực chuyên môn và nghiệp vụ cao, đảm bảo thực hiện tốt nhất nhiệm vụ đào tạo nguồn nhân lực có chất lượng cao, phục vụ có hiệu quả sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.
Trường ĐH Cần Thơ hiện có 84 ngành đào tạo bậc đại học 51 chuyên ngành bậc thạc sĩ và 21 chuyên ngành tiến sĩ. Mỗi năm, trường đã cung cấp cho xã hội khoảng 10.000 cử nhân, kỹ sư, thạc sĩ và tiến sĩ.
Hiện quy mô đào tạo đại học và sau đại học của trường là 46.523 người, trong đó có 43.617 sinh viên (35.593 sinh viên chính quy, 3.759 sinh viên vừa làm vừa học và 4.319 sinh viên đào tạo từ xa), 2.610 học viên cao học và 263 nghiên cứu sinh.