Thành tích học sinh giỏi các môn văn hóa lớp 9, cấp thành phố đạt 155 giải (Nhất 12, Nhì 39, Ba 49, KK 55); cấp tỉnh đạt 68 giải (Nhất 6, Nhì 15, Ba 20, KK 27).
Cùng năm học 2020-2021, 100% học sinh lớp 9 của nhà trường đỗ vào các trường THPT. Số học sinh đỗ vào Chuyên Vĩnh Phúc là 124/297 em, đạt 41,75%. Trong đó, có 5 thủ khoa các môn: Ngữ Văn, Pháp, Hóa học, Sinh học, Địa lý và 4 Á khoa thuộc các môn: Vật Lý, Toán, Ngữ Văn, Tiếng Anh.
Trong tốp 25 “cao thủ” điểm đầu vào Trường THPT Chuyên Vĩnh Phúc thì có 14 học sinh của trường THCS Vĩnh Yên.
Kỳ tuyển sinh vào lớp 6 năm học 2021-2022, Trường THCS Vĩnh Yên có 1.136 học sinh đăng ký làm bài kiểm tra đánh giá năng lực (tăng gần 100 học sinh so với kỳ tuyển sinh trước). Chỉ tiêu tuyển sinh của nhà trường là 360 học sinh. Như vậy, tỷ lệ “chọi” là 1/3,15 học sinh, cao nhất tỉnh Vĩnh Phúc.
Một trong những yếu tố quan trọng trong công tác dạy và học của Trường THCS Vĩnh Yên là công tác bồi dưỡng đội ngũ cán bộ, giáo viên, đổi mới sinh hoạt chuyên môn. Nếu như trước đây dạy theo phương pháp truyền thống thầy đọc trò chép, kiến thức được truyền thụ một chiều thì nay vấn đề dạy học của nhà trường đã chuyển theo hướng đổi mới tư duy sáng tạo, vận dụng kiến thức theo lối học mở.
Giáo viên đưa ra ý kiến, học sinh bàn luận theo ý tưởng và sự sáng tạo của bản thân mình, tạo sự tương tác đa chiều không chỉ giữa giáo viên với học sinh mà còn là sự tương tác giữa học sinh và học sinh. Học sinh ngày càng hứng thú hơn trong mỗi bài học bởi bản thân không bị gò ép theo một lối tư duy định sẵn nào cả.
Nhà trường đặc biệt chú ý tới 3 từ khóa trọng tâm “Cơ chế - đội ngũ – sáng tạo”, có các điều kiện cần và đủ như trên sẽ bảo vệ được thương hiệu đang có của nhà trường.
Với tâm thế của một ngôi trường có bề dày thành tích và truyền thống hiếu học cùng sự phấn đấu không ngừng nghỉ của thầy và trò Trường THCS Vĩnh Yên, nhà trường đã đạt được những thành tích đáng tự hào, được các cấp ghi nhận, khen thưởng như: Bộ GD&ĐT tặng Cờ thi đua Đơn vị tiêu biểu xuất sắc năm học 2014-2015; UBND tỉnh Vĩnh Phúc tặng Cờ thi đua đơn vị xuất sắc khối THCS năm học 2015-2016; Chủ tịch UBND tỉnh Vĩnh Phúc tặng Bằng khen năm học 2018-2019.
Năm học 2020-2021, nhà trường đón nhận Huân chương Lao động hạng III của Chủ tịch nước vì đã có thành tích xuất sắc trong công tác GD&ĐT từ năm học 2014-2015 đến năm học 2018-2019, góp phần xây dựng Chủ nghĩa xã hội và Bảo vệ Tổ quốc.
Với những thành tích đã đạt được trong nhiều năm qua, tin tưởng rằng, Trường THCS Vĩnh Yên sẽ tiếp tục gặt hái được nhiều thành công hơn nữa trong những năm học tiếp theo và nhà trường thực sự trở thành “vườn ươm” tài năng của thành phố Vĩnh Yên nói riêng và tỉnh Vĩnh Phúc nói chung.