Qua các chỉ đạo của bị can Nguyễn Đức Chung, từ 2016 đến 2019, Ban Duy tu các công trình kỹ thuật đô thị thuộc Sở Xây dựng không tổ chức đấu thầu mà ký hợp đồng đặt hàng trực tiếp với Công ty TNHH MTV Công viên Cây xanh Hà Nội (Công ty Cây xanh) và Công ty Sinh Thái Xanh.
Ban Duy tu đã đặt hàng Công ty Cây xanh 10 hợp đồng trị giá hơn 241 tỉ đồng; Công ty Sinh Thái Xanh 6 hợp đồng, hơn 43 tỉ đồng.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng, nhóm cán bộ Ban Duy tu và người đứng đầu hai doanh nghiệp này đã bắt tay nâng khống giá, gây thiệt hại cho nhà nước hơn 34 tỉ đồng.
Cơ quan điều tra cho rằng đã tổ chức đối chất giữa bị can Chung với bị can Bùi Văn Mận. Từ đây, kết luận điều tra bổ sung không thay đổi nội dung so với bản trước đó. Theo đó, sau khi được Hà Nội đặt hàng, Công ty Cây xanh Hà Nội đã thông đồng nâng khống giá cây xanh để hưởng lợi 17 tỉ đồng.
Bị can Vũ Kiên Trung, cựu chủ tịch Công ty Cây xanh, khai vào các dịp lễ, Tết từ 2016 đến 2018 đã nhiều lần đưa cho bị can Nguyễn Đức Chung 2,6 tỉ đồng để cảm ơn đã tạo điều kiện và chỉ đạo Sở, ngành Hà Nội đặt hàng công ty.
Ngoài bị can Trung, bị can Bùi Văn Mận cũng khai đã chi 1,2 tỉ đồng trồng cây tại Trường Mầm non Yển Khê (huyện Thanh Ba, Phú Thọ) để bị can Chung dùng tư cách cá nhân tài trợ và chi 140 triệu đồng trồng cây cho nhà bố mẹ đẻ cựu chủ tịch Hà Nội ở Phú Thọ; 240 triệu đồng trồng cây tại nhà thờ chú họ bị can Chung ở Hải Dương. Mận khai toàn bộ nguồn tiền đưa đi trồng cây cho ông Chung đều có được từ việc nâng khống giá cây.
Tuy nhiên, bị can Chung phản bác các lời khai trên, cho rằng không nhận bất kỳ khoản tiền nào của Trung. Việc Mận trồng cây tại các địa điểm như trên, ông và một số người khác cũng đã thanh toán đầy đủ.
Cơ quan điều tra đánh giá bị can Chung khi làm Chủ tịch TP Hà Nội đã không đảm bảo tính công minh, liêm chính, vì động cơ cá nhân đã chỉ đạo cấp dưới làm sai. Nhằm che giấu hành vi phạm tội của mình, bị can "ra văn bản một đằng, chỉ đạo miệng một nẻo".
Đây là vụ án thứ 4 ông Nguyễn Đức Chung bị xử lý. Cựu chủ tịch Hà Nội đang thi hành tổng cộng 12 năm tù tại 3 vụ án: "Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước" liên quan vụ án Nhật Cường, sai phạm mua sắm chế phẩm Redoxy-3C, can thiệp đấu thầu tại Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội.