Theo bản án phúc thẩm, trong số các bị cáo nhận hối lộ, Phạm Trung Kiên và Vũ Anh Tuấn có hành vi đòi hỏi, sách nhiễu, đưa ra giá "chung chi" và yêu cầu doanh nghiệp phải đưa tiền thì mới cấp phép. Các bị cáo khác dù không yêu cầu nhưng đều gặp gỡ, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp, trước hoặc sau khi tổ chức xong chuyến bay được các doanh nghiệp chi tiền cảm ơn.
Hội đồng xét xử đánh giá đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, xảy ra tại nhiều bộ ngành. Nhóm bị cáo nhận hối lộ đều là người có chức vụ, quyền hạn nhưng đã lợi dụng dịch bệnh, vị trí công tác để nhũng nhiễu, tạo cơ chế xin - cho buộc doanh nghiệp phải đưa hối lộ. Hành vi của các bị cáo xâm phạm hoạt động đúng đắn của cơ quan nhà nước, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của cơ quan nhà nước, gây bất bình và tạo dư luận xấu trong nhân dân.
Bên cạnh đó, TAND Cấp cao tại TP Hà Nội cũng tuyên phạt bị cáo Tô Anh Dũng, cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao, 14 năm tù (án sơ thẩm 16 năm tù) về tội Nhận hối lộ. Bị cáo Tô Anh Dũng bị cáo buộc nhận 21,5 tỉ đồng của các doanh nghiệp.
Toà cũng chấp nhận một phần kháng cáo của cựu phó chủ tịch tỉnh Quảng Nam Trần Văn Tân và tuyên ông này được giảm 1 năm tù so với án sơ thẩm. Ông Tân bị tuyên phạt 5 năm tù (án sơ thẩm 6 năm) về Tội nhận hối lộ.