Sau đó, bị can Trịnh chỉ đạo bị can Nguyễn Huỳnh, cựu thư ký của cựu Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thanh Long, giới thiệu, giúp Việt Á được Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương kiểm định chất lượng kit xét nghiệm, làm căn cứ lập hồ sơ đăng ký lưu hành gửi Bộ Y tế. Tiếp đến, bị can Nguyễn Văn Trịnh chỉ đạo bị can Nguyễn Minh Tuấn, cựu Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và công trình y tế (Bộ Y tế), hoàn thiện hồ sơ để Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành kit xét nghiệm cho Việt Á.
C03 còn xác định bị can Trịnh đã can thiệp, tác động bị can Nguyễn Nam Liên, Vụ trưởng Vụ Kế hoạch tài chính (Bộ Y tế), giúp Việt Á được Bộ Y tế sử dụng nguồn tiền tài trợ từ các ngân hàng để thanh toán tiền mua 200.000 kit xét nghiệm với giá 470.000 đồng/kit, trong khi giá trị thực của 1 kit xét nghiệm chỉ 143.000 đồng. Được sự hậu thuẫn từ bị can Trịnh, Phan Quốc Việt đã 2 lần chi tiền cảm ơn với tổng số tiền 200.000 USD (tương đương hơn 4,5 tỉ đồng).
Tháng 8-2020, sau khi Việt Á được các ngân hàng làm thủ tục thanh toán tiền cho đơn hàng 200.000 kit test mà Bộ Y tế mua, bị can Phan Quốc Việt hẹn gặp cựu trợ lý phó thủ tướng Nguyễn Văn Trịnh tại Hà Nội và giao thủ quỹ của Việt Á chuẩn bị 100.000 USD, tiền này từ nguồn mà Việt vay.
Ngày 16-8-2020, Phan Quốc Việt yêu cầu Vũ Đình Hiệp, Phó tổng giám đốc Công ty Việt Á, chuẩn bị 1 túi vải màu xanh có mác của công ty và khoảng 5-10 hộp sâm. Sau đó, Việt lấy 100.000 USD đưa cho Hiệp bỏ vào túi cùng các hộp sâm.
Tiếp đó, Việt cầm túi quà này tới một quán cà phê trên phố Vạn Phúc (quận Ba Đình, TP Hà Nội) và gọi điện cho bị can Nguyễn Văn Trịnh tới. Khoảng 15 phút sau, bị can Trịnh đi bộ đến và hai bên ngồi nói chuyện khoảng 30 phút về công tác phòng chống dịch. Sau đó, Phan Quốc Việt đưa túi đựng sâm và 100.000 USD cho cựu trợ lý phó thủ tướng và nói "em mới nhận được một ít thanh toán, em tranh thủ ghé thăm cám ơn anh".
Sau đó, Việt mở túi để Nguyễn Văn Trịnh nhìn thấy có hộp sâm và tiền, cựu trợ lý phó thủ tướng nói: "anh cám ơn, sao nhiều thế". Việt đáp lại: "Có là gì so với sự giúp đỡ của anh đâu, sắp tới việc thanh toán ổn, em còn cám ơn anh nữa". Sau đó, bị can Trịnh cầm túi và đi bộ về.
Lần thứ 2, ngày 2-3-2021, khi Phan Quốc Việt đang làm việc ở Hải Dương thì bị can Trịnh hẹn lên Hà Nội gặp để cập nhật tình hình Công ty Việt Á phối hợp với tỉnh Hải Dương thực hiện công tác xét nghiệm. Hai bên tiếp tục hẹn gặp nhau tại quán cà phê trên phố Vạn Phúc. Tại đây, Phan Quốc Việt đưa túi quà màu xanh có mác Công ty Việt Á chứa 100.000 USD cho bị can Trịnh. Khi đưa, Việt nói: "em có tí quà tết cám ơn anh đã giúp đỡ Công ty Việt Á". Sau đó, cựu trợ lý phó thủ tướng nói "cảm ơn tụi em" rồi cầm túi ra về.
Cơ quan điều tra cáo buộc, Phan Quốc Việt cùng các đồng phạm đã biến đề tài kit xét nghiệm từ sản phẩm nghiên cứu thuộc sở hữu Nhà nước thành sản phẩm thương mại, thuộc sở hữu của mình và sản xuất, thương mại hóa thu lời bất chính hơn 1.235 tỉ đồng và gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 400 tỉ đồng. Sau khi thực hiện được ý đồ của mình, bị can Phan Quốc Việt đã chi 3,45 triệu USD và 4 tỉ đồng để cảm ơn, hối lộ, chia "hoa hồng" cho một số bị can.
Trong đó, Giám đốc Công ty Việt Á cảm ơn các bị can Nguyễn Văn Trịnh và Chu Ngọc Anh, cựu bộ trưởng Bộ KH-CN. mỗi người 200.000 USD (tương đương hơn 4,5 tỉ đồng), đưa hối lộ bị can Nguyễn Thanh Long 2,25 triệu USD (tương đương hơn 51 tỉ đồng),…