Quá trình điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Thanh Hoá đã lần lượt khởi tố, bắt tạm giam các bị can: Nguyễn Bá Hùng (SN 1966, Bí thư Huyện uỷ Như Xuân), nguyên Phó Giám đốc Sở Tài chính (thời điểm có hành vi sai phạm) và ông Văn Xuân Hùng (SN 1959), nguyên Trưởng phòng Quản lý công sản giá cả, Sở Tài chính và bà Đinh Cẩm Vân, cựu Giám đốc Sở Tài chính về tội danh nêu trên.
Dự án Hạc Thành Tower tọa lạc trên khu đất 'vàng' nằm ở ngã tư đường Hạc Thành và đường Phan Chu Trinh, gần với Quảng trường Lam Sơn, thuộc trung tâm TP Thanh Hoá.
Vào tháng 11/2009, Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hoá có quyết định phê duyệt giá giao đất thu tiền sử dụng để triển khai lập dự án đầu tư và khai thác Dự án đầu tư xây dựng công trình Hạc Thành Tower. Theo quyết định này, diện tích đất giao cho dự án là 2.706,0 m2, với giá là 21 triệu đồng/m2. Tổng số tiền sử dụng đất mà Công ty TNHH một thành viên Sông Mã (sau này là Công ty cổ phần Sông Mã) phải nộp cho ngân sách Nhà nước là gần 57 tỷ đồng.
Sau 4 năm, cơ quan chức năng tỉnh Thanh Hoá có quyết định phê duyệt tăng tổng diện tích triển khai dự án, nhưng giá đất vẫn giữ nguyên và tiền nộp ngân sách thì lại thấp đi. Cụ thể, ngày 23/12/2013, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hoá Nguyễn Đình Xứng ký quyết định phê duyệt tiền sử dụng đất nộp ngân sách Nhà nước của Công ty TNHH một thành viên Sông Mã tại Dự án Hạc Thành Tower, phường Điện Biên, TP Thanh Hoá. Tại quyết định này, dự án có tổng diện tích thay đổi từ 2.706 m2 tăng lên là 2.958,7 m2. Trong khi đó, giá giao đất cho nhà đầu tư vẫn là 21 triệu đồng/m2.
Mặc dù diện tích dự án thay đổi, tăng lên nhưng tổng tiền sử dụng đất mà chủ đầu tư phải nộp ngân sách Nhà nước (hơn 48,3 tỷ đồng) lại thấp hơn số tiền nộp ngân sách Nhà nước tại quyết định phê duyệt năm 2009 (gần 57 tỷ đồng).
Sau khi được bàn giao đất, trong các năm 2014, 2015, 2016 chủ đầu tư là Công ty cổ phần Sông Mã, Công ty TNHH Huy Hoàng (chủ đầu tư cấp II) nhiều lần có các văn bản xin được điều chỉnh công trình, mặt bằng quy hoạch.
Hiện vụ việc đang được cơ quan chức năng tiếp tục điều tra, xử lý.