Tháng 4-2019, tại phòng ăn của thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, ông Sơn cùng trung tướng Hoàng Văn Đồng và 3 thiếu tướng Doãn Bảo Quyết, Phạm Kim Hậu, Bùi Trung Dũng nói về việc "rút " 50 tỉ đồng ngân sách phân bổ cho Cục Kỹ thuật. Tại đây, tất cả đồng ý nên ông Sơn đã chỉ đạo đại tá Hưng thực hiện.
Đến lượt mình, đại tá Hưng lại yêu cầu 6 Trưởng phòng nghiệp vụ thuộc Cục Kỹ thuật phải rút đủ 50 tỉ đồng. Khi bị những Trưởng phòng phản ứng là khó, bị cáo này cho rằng: "Phải xác định việc rút lại 50 tỉ đồng là nhiệm vụ thủ trưởng giao và phải hoàn thành".
Sau đó, mỗi trưởng phòng dưới quyền đại tá Hưng được giao chỉ tiêu phải "rút ruột" từ 50 triệu đồng đến 25 tỉ đồng để đủ mức 50 tỉ đồng do Trung tướng Sơn yêu cầu. Tiếp đó, 6 trưởng phòng này phân chia nguồn ngân sách thành 29 gói thầu, trong đó có 9 gói giá trị dưới 10 tỉ đồng để Tư lệnh Cảnh sát biển phê duyệt, không phải báo cáo Bộ Quốc phòng.
Cùng với đó, họ "đặt vấn đề" với các nhà thầu để nâng giá, nhằm "hỗ trợ đơn vị có nguồn quỹ vốn sử dụng vào mục đích phúc lợi". Sau đó, 24 hợp đồng được Bộ tư lệnh Cảnh sát biển ký với 16 doanh nghiệp, giúp rút ruột ngân sách 50 tỉ đồng. Có được số tiền này, trung tướng Sơn chia cho mình và 4 ông Đồng, Hậu, Quyết và Dũng, mỗi người 10 tỉ đồng.
Đến ngày 19-6-2020, ông Hậu làm đơn gửi cơ quan chức năng, kèm theo 2 file ghi âm phản ánh về tiêu cực, tham nhũng của bản thân và các đồng phạm. Cơ quan chức năng vào kiểm tra, 5 người hưởng lợi tự nguyện nộp lại mỗi người 10 tỉ đồng để khắc phục toàn bộ hậu quả vụ án.
Với 6 trưởng phòng thuộc Cục Kỹ thuật, cơ quan tố tụng xác định họ "có mối quan hệ lệ thuộc", thực hiện mệnh lệnh cấp trên, không có động cơ vụ lợi và không biết số tiền 50 tỉ đồng sau đó bị chia cá nhân. Do đó họ không xử lý hình sự.