Tập đoàn Đầu tư Vạn Thịnh Phát gồm 4 cổ đông: Tập đoàn VTP sở hữu 49%, bà Chu Duyệt Hằng sở hữu 15,5%, bà Chu Duyệt Phấn nắm 15,5% và Công ty cổ phần Emerald, đại diện là bà Trương Huệ Vân chiếm 20%.
HĐQT gồm 3 thành viên: Ông Trương Chí Trung (em bà Trương Mỹ Lan) - Chủ tịch HĐQT; ông Trương Lập Hưng và bà Trương Huệ Vân là thành viên HĐQT.
Ban điều hành qua các thời kỳ gồm: Ngô Thanh Nhã, Tổng giám đốc; 4 Phó Tổng Giám đốc: Bà Trương Huệ Vân, bà Tô Thị Anh Đào, bà Tống Thị Thanh Hoàng, ông Trần Danh Hùng. Kế toán trưởng là Lương Thị Hồng Nhung.
Các dự án đầu tư do Tập đoàn Đầu tư Vạn Thịnh Phát làm chủ đầu tư là Dự án Khu dân cư Sterling Residence thuộc Khu II - Khu 6A thuộc Khu chức năng số 6A - Đô thị mới Nam Thành phố, xã Bình Hưng, huyện Bình Chánh với quy mô 264.633 m2 và nhiều dự án, hợp đồng khác.
Một cái tên khác liên quan đến vụ án là Công ty cổ phần Tập đoàn Sài Gòn Peninsula. Công ty này cũng có trụ sở tại số 193 - 203 Trần Hưng Đạo, phường Cô Giang, quận 1, TP. Hồ Chí Minh; được thành lập năm 2003.
Công ty hoạt động chính trong lĩnh vực kinh doanh bất động sản với vốn điều lệ 18.000 tỷ đồng. Cơ cấu cổ đông gồm: 10 cổ đông cá nhân và 21 cổ đông pháp nhân.
Người đại diện pháp luật: Nguyễn Ngọc Dương, Tổng giám đốc (đã chết). HĐQT gồm: Trương Vincent Kinh, Chủ tịch và 2 thành viên Kwok Hakman Oliver và bà Nguyễn Phương Anh.
Dự án sở hữu gồm Khu công viên Mũi Đèn Đỏ và Khu nhà ở đô thị tại phường Phú Thuận, quận 7, TP. Hồ Chí Minh với quy mô dự án là gần 117,8 ha. Dự án đang trong quá trình làm thủ tục đầu tư, chưa được phê duyệt dự án, chưa được giao đất.
Công ty Cổ phần Đầu tư Tài chính Việt Vĩnh Phú có trụ sở tại số 8 Nguyễn Huệ, phường Bến Nghé, quận 1, TP. Hồ Chí Minh là cái tên tiếp theo liên quan đến vụ án. Công ty được thành lập năm 2007 với vốn điều lệ 2.868 tỷ đồng. Ngành nghề kinh doanh chính là tư vấn quản lý và Tạ Chiêu Trung - Tổng giám đốc làm đại diện pháp luật.
Cổ đông gồm bà Trương Huệ Vân sở hữu 50,5% vốn điều lệ; Công ty Prosperity Asia Capital Limited - quốc tịch British Virgin Islands nắm 19,5%; Công ty Lionyear International Limited - quốc tịch British Virgin Islands sở hữu 15%; Công ty Magic Luck Group Limited - quốc tịch British Virgin Islands nắm 15% vốn.
Ngoài ra còn có một số công ty có hoạt động kinh doanh, tạo doanh thu cho nhóm Vạn Thịnh Phát gồm: Công ty cồ phần Tập đoàn Quản lý bất động sản Windsor, Công ty cổ phần Tập đoàn Đầu tư An Đông, Công ty cổ phần Đầu tư Times Square Việt Nam, Công ty cổ phần Xuất nhập khẩu Hàng tiểu thủ công nghiệp Sài Gòn, Công ty TNHH MTV Khách sạn Quốc tế Thiên Phúc, Công ty TNHH Vinametric, Công ty CP Bông Sen, Công ty TNHH Quản lý Sài Gòn Artisans, Công ty TNHH Sài Gòn Atelier, Công ty TNHH Coco & May, Công ty TNHH The Recipe, Công ty cổ phần The Signature, Công ty LaviFood...
Theo kết luận điều tra, ngoài các doanh nghiệp kể trên còn có nhiều các công ty “ma” được bị can Trương Mỹ Lan giao cho Hà Thục Kim và sau này là Đặng Phương Hoài Tâm, Trưởng Văn phòng HĐQT của Tập đoàn Vạn Thịnh Phát phụ trách và phối hợp với Nguyễn Ngọc Dương và Nguyễn Phương Anh (là Tổng giám đốc và Phó Tổng giám đốc Tập đoàn Sài Gòn Peninsula) thực hiện. Các công việc gồm đặt tên công ty, tìm thuê người đứng tên thành lập công ty dưới các vai trò là người đại diện theo pháp luật, cổ đông, thành viên Công ty TNHH, tìm địa chỉ đặt trụ sở công ty, chọn ngành nghề kinh doanh... cho phù hợp với yêu cầu của Trương Mỹ Lan và đồng phạm.
Nguyễn Ngọc Dương chỉ đạo bà Trần Thị Kim Chi, ông Bùi Đức Khoa... tìm người nhận đứng tên theo yêu cầu và cung cấp thông tin của họ cho ông Phan Chí Luân quản lý, cập nhật danh sách.
Với phương thức này, kết quả điều tra xác định bà Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo nhóm đối tượng tại Tập đoàn Vạn Thịnh Phát thành lập/nhận chuyển nhượng/sử dụng hàng nghìn pháp nhân để: Đứng tên khoản vay; chuyển/nhận tiền từ nước ngoài; phát hành trái phiếu; đứng tên dự án; cơ cấu lại sở hữu cổ phần giữa các công ty, chuyển nhượng cổ phần, tài sản cho các cá nhân theo mục đích của bà Trương Mỹ Lan và đồng phạm (chuyển nhượng nhiều lần để nâng giá trị tài sản, hoặc chuyển nhượng để lập phương án rút tiền ra khỏi Ngân hàng SCB...).
Trong đó, một số lượng lớn công ty ma được thành lập không có hoạt động kinh doanh mà chỉ để đứng tên khoản vay tại Ngân hàng SCB, lập các phương án vay vốn khống, hợp thức hóa rút tiền ở Ngân hàng SCB để bà Lan sử dụng.
Ngoài ra, bà Lan cũng chỉ đạo nhóm đối tượng tại Tập đoạn Vạn Thịnh Phát thuê/nhờ hàng nghìn cá nhân để: Đứng tên khoản vay tại Ngân hàng SCB; đứng tên đại diện pháp luật công ty “ma”; đứng tên tài sản đảm bảo; đứng tên cổ phần; mở tài khoản nhận tiền, rút tiền mặt, phục vụ cho các mục đích của Trương Mỹ Lan.