Về vị trí, tỉnh Đồng Nai cho rằng, vị trí xây dựng cầu Cát Lái tại bến phà hiện hữu là phù hợp với quy hoạch đô thị mới Nhơn Trạch đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và quy hoạch sử dụng đất huyện Nhơn Trạch.
Về phía Tp.HCM cho rằng, hướng tuyến xây dựng cầu Cát Lái tại vị trí phà Cát Lái hiện nay không khả thi, vì xây dựng tại vị trí này thì cần điều chỉnh quy hoạch lộ giới đường Nguyễn Thị Định từ 60m lên 77m.
Hơn nữa, hướng tuyến cầu Cát Lái cách cầu cảng hiện nay của cảng Cát Lái khoảng 100m, sẽ ảnh hưởng đến hoạt động khai thác của cảng và không đảm bảo an toàn cho tàu container quay tàu khi ra vào cảng.
Đó là chưa kể, cầu Nhơn Trạch nằm trên tuyến đường vành đai 3, kết nối giữa TP.HCM với Đồng Nai đang được xây dựng và dự kiến hoàn thành vào năm 2025. Vì vậy, Tp.HCM cho rằng, vị trí xây cầu Cát Lái tại bến phà hiện nay là không khả thi và đề xuất 2 vị trí mới để xây cầu.
Ngoài không thống nhất được hướng tuyến , hai địa phương còn không thống nhất được thời điểm triển khai. Trong khi Đồng Nai muốn xây dựng cây cầu này trước năm 2025, phía Tp.HCM đề xuất xây sau năm 2030 để phù hợp với lộ trình di dời các cảng biển trên địa bàn thành phố.
Việc xây cầu Cát Lái đã bế tắc, “lệch pha” trong một thời gian dài vì không thống nhất được hướng tuyến, thời điểm thực hiện giữa hai địa phương.
Năm 2003, đã có chủ trương làm cầu Cát Lái thay phà Cát Lái. Thời điểm năm 2005 cũng đã lập dự án làm cầu và đường với chiều dài gần 18km, tổng đầu tư cho cả hai giai đoạn gần 5.800 tỉ đồng. Trong đó riêng cầu dài gần 2,3km, còn phần đường bên phía Tp.HCM hơn 10km. Nhiều lãnh đạo trung ương về Đồng Nai cũng có ý kiến đồng tình giao Đồng Nai làm cầu nối quận 2, quận 9 để kết nối hạ tầng khu vực kinh tế Tp.HCM và huyện Nhơn Trạch. Thế nhưng, suốt 2 thập niên, cầu Cát Lái nối đôi bờ Tp.HCM và Đồng Nai vẫn là mơ ước của người dân ở hai địa phương này.