Trước tình huống học sinh đổi môn học, đa số ý kiến từ các trường đề cập đến hai khó khăn. Thứ nhất là từ phía nhà trường, khi phải bố trí đội ngũ để hỗ trợ học sinh bù đắp kiến thức. Được giao quyền chủ động trong việc này khiến không ít hiệu trưởng lúng túng, bởi việc thay đổi quan niệm của cán bộ quản lý về vai trò tự chủ của nhà trường còn chưa theo kịp yêu cầu mới; quen được hướng dẫn chi tiết, cụ thể từ cơ quan cấp trên.
Thứ hai là khó khăn về phía học sinh, bởi các em cần tự bổ sung kiến thức, kỹ năng để đủ năng lực học tiếp môn học, cụm chuyên đề học tập mới ở lớp học tiếp theo. Như vậy, cùng với việc hoàn thành các môn trong chương trình như các bạn, học sinh muốn đổi môn phải tự học một môn học mới. Quyết định đổi môn càng muộn, nhiệm vụ này càng khó khăn và cần một quyết tâm lớn, cũng như sự hỗ trợ của gia đình, thầy cô.
Đây cũng là điều rất cần phải được truyền thông kỹ, để người học hiểu thật rõ, từ đó thực sự nghiêm túc với lựa chọn của mình ngay từ ban đầu. Nhà trường, thầy cô, gia đình cũng phải đồng hành để định hướng, tư vấn sớm, trên cơ sở hiểu rõ, để các em có lựa chọn đúng. Lý tưởng nhất, có lợi cho người học nhất, vẫn là việc lựa chọn môn học, cụm chuyên đề học tập được giữ ổn định từ lớp 10 đến hết lớp 12.
Năm học đầu tiên triển khai chương trình mới ở THPT, sự thiếu trơn tru, bỡ ngỡ là khó tránh khỏi. Việc lựa chọn môn học của học sinh cũng vậy. Khi cả nhà trường và người học đã có kinh nghiệm thực tiễn; định hướng, tư vấn của gia đình, nhà trường tốt hơn; quyết định của các em trên cơ sở suy nghĩ chín chắn, kỹ lưỡng hơn; chắc chắn việc thay đổi môn học sẽ ngày càng ít đi trong những năm học tiếp theo.