Đến tháng 5-2013, UBND tỉnh Lào Cai tiếp tục có văn bản thể hiện "nếu kết quả phân tích có phát hiện quặng (kể cả quặng nghèo), giao cho Công ty Lilama thu gom, thỏa thuận, thống nhất với Công ty Apatit Việt Nam để tập kết, quản lý, sử dụng theo quy định pháp luật".
Tuy nhiên, sau đó giám đốc Công ty Lilama Nguyễn Mạnh Thừa chỉ đạo nhân viên, thuê các đơn vị khác đưa máy móc vào khu đất để khai thác quặng trái phép. Quặng khai thác được, Công ty Lilama bán lại cho Công ty Apatit Việt Nam và một số công ty hóa chất.
Theo kết luận điều tra, số quặng apatit mà Công ty Lilama khai thác thuê cho Công ty Apatit Việt Nam và trực tiếp khai thác lên tới hơn 1,5 triệu tấn, trị giá hơn 610 tỉ đồng. Công ty Lilama thu về hơn 484 tỉ đồng, Công ty Apatit Việt Nam cũng hưởng lợi hơn 184 tỉ đồng.
Cơ quan điều tra cáo buộc, khi còn là Phó chủ tịch và Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai, bị can Vịnh chịu trách nhiệm chính về công tác quản lý và bảo vệ tài nguyên khoáng sản trên địa bàn tỉnh, biết rõ diện tích 3,77 ha thuộc khai trường 18 đã được Bộ Công thương phê duyệt quy hoạch quặng apatit, thẩm quyền cấp phép khai thác thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường. Tuy nhiên, bị can Vịnh đã ký giấy chứng nhận đầu tư cùng nhiều văn bản và tài liệu khác có liên quan không đúng thẩm quyền, trái quy định của pháp luật, dẫn tới Công ty Lilama và Công ty Apatit Việt Nam khai thác, tiêu thụ trái phép số lượng quặng apatit cực lớn.
Hành vi sai phạm của bị can Vịnh mang tính hệ thống, chỉ đạo xuyên suốt, bởi cùng dự án này bị can ký giấy chứng nhận đầu tư xây dựng khách sạn, khi biết có trữ lượng quặng lớn thì ký quyết định thu hồi, sau đó cấp lại chính diện tích đất đã thu hồi cho Công ty Lilama đầu tư xây dựng khách sạn và cho tận thu khoáng sản. Dù Công ty Apatit Việt Nam rất nhiều lần kiến nghị không cấp diện tích đất 3,77 ha cho Công ty Lilama, nhưng khi được cấp dưới trình các văn bản không đúng quy định pháp luật, bị can Vịnh đã không ngăn chặn, không chỉ đạo các sở, ngành có biện pháp quản lý và bảo vệ tài nguyên khoáng sản theo đúng quy định của pháp luật.
Bị can Vịnh đã ký các văn bản trái pháp luật, tạo điều kiện cho Công ty Lilama và Công ty Apatit Việt Nam khai thác và tiêu thụ quặng trái phép. Vào giáp tết Nguyên đán năm 2015, bị can Nguyễn Mạnh Thừa mang 5 tỉ đồng đến biếu bị can Nguyễn Văn Vịnh để cảm ơn.