Từ đó, Cục Thuế TP HCM ban hành 17 quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng cho Thuduc House với tổng số tiền hơn 365,5 tỉ đồng.
Liên quan vụ án, VKS truy tố bà Nguyễn Thị Bích Hạnh (Cựu Phó Cục trưởng Cục thuế TP HCM) về tội "Vi phạm quy định về quản lý tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí"; 17 cựu cán bộ Cục Thuế TP HCM bị truy tố về hai tội danh: "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" và "Vi phạm quy định về quản lý tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí".
Theo cáo trạng, bà Nguyễn Thị Bích Hạnh được cấp dưới báo cáo các dấu hiệu rủi ro về thuế tại Thuduc House nhưng không chỉ đạo xác minh, bỏ qua các dấu hiệu này.
Từ đó, bà Hạnh ký các quyết định hoàn thuế cho Thudu House trong 15 kỳ (từ tháng 4-2018 đến tháng 6-2019) trái quy định, gây thất thoát cho nhà nước hơn 331,4 tỉ đồng.
Tại cơ quan điều tra, bà Hạnh thừa nhận trách nhiệm, cho rằng bản thân đã thiếu sót, không thực hiện đúng các quy định, quy trình thủ tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
Trong vụ án này, 7 cán bộ hải quan thuộc Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực I bị truy tố về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” là: Phạm Duy Bình, Nguyễn Lê Hùng, Hồ Hoàng Hải, Hoàng Trung Kiên, Nguyễn Duy Linh, Trần Văn Thành, Bùi Hữu Trên.
Theo cáo trạng, những cán bộ này không thực hiện nhiệm vụ kiểm tra thực tế 39 lô hàng nhập khẩu theo quy định nên không phát hiện hành vi buôn lậu của Trịnh Tiến Dũng và đồng phạm, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 10,4 tỉ đồng.
Liên quan 7 cán bộ này, 2 đối tượng được xác định giúp sức tích cực cho Trịnh Tiến Dũng trong vụ án là Mạc Văn Nguyện và Mạc Thành Nam còn khai nhận "chi tiền cho công chức hải quan để được tạo điều kiện thuận lợi khi tiến hành kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa".
Tuy nhiên, cơ quan điều tra xác định chưa đủ căn cứ kết luận việc nhận tiền của công chức hải quan trong quá trình thông quan 39 lô hàng.