Ngày 27-12-2011, Công an quận Ngũ Hành Sơn kiểm tra, tạm giữ xe ô tô BKS 43S-5142 chở container rồi sau đó chuyển cho Chi cục Hải quan cảng Đà Nẵng xử lý theo quy định.
Sau đó, Tổng cục Hải quan có Công văn yêu cầu Cục Hải quan TP Đà Nẵng, Cục hải quan tỉnh Quảng Trị dừng làm thủ tục thông quan đối với lô hàng và giao toàn bộ hồ sơ cùng hàng hóa cho Cục Điều tra chống buôn lậu (ĐTCBL) – Tổng cục Hải quan chủ trị khám xét.
Ngày 6-1-2012, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cảng Đà Nẵng ra quyết định khám xét 22 container gỗ của Công ty Ngọc Hưng và kết luận lô hàng gỗ xuất khẩu của công ty gồm: 453,104 m, trong đó có: 431,598 m gỗ Trắc, 21,506 mỏ gỗ Giáng Hương và 867 sản phẩm gỗ.
Ngày 6-4-2012, Cục ĐTCBL ra quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố Công ty Ngọc Hưng về tội buôn lậu và thu giữ toàn bộ số gỗ chứa trong 22 container.
Ngày 31-7-2013, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an ra quyết định xử lý vật chứng và ngày 13-1-2013 bán được hơn 63 tỉ đồng.
Ngày 26-7-2019, TAND Cấp cao tại Đà Nẵng có bản án, kết luận: Do vật chứng của vụ án là gỗ xuất khẩu đã bị bán đấu giá trước khi xét xử sơ thẩm nên số tiền bán đấu giá tài sản là hơn 63,9 tỉ đồng, sau khi trừ chi phí bán đấu giá, còn lại hơn 63,8 tỉ đồng được coi là vật chứng của vụ án.
Đối với khối lượng hàng buôn lậu là 78,872 m3 gỗ Trắc và gỗ Giáng Hương, có giá trị là hơn 4 tỉ đồng, HĐXX sẽ tịch thu nộp ngân sách nhà nước.
Số vật chứng được tính thành tiền còn lại là hơn 59 tỉ đồng, do không có cơ sở để kết luận các bị cáo buôn lậu nên HĐXX quyết định chuyển cho Tổng cục Hải quan để xem xét, xử lý về hành vi vi phạm hành chính do Công ty Ngọc Hưng khai sai thực tế về đơn hàng.
Ngày 26-7-2019 Công chức Đội 2 - Cục ĐTCBL lập biên bản vi phạm hành chính về hải quan số 01/BB-VPHC và ngày 5-11-2019, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ra quyết định tịch thu tang vật vi phạm hành chính số 3241/QĐ-TTTV tịch thu số tiền hơn 59 tỉ đồng nói trên.
Sau khi nghiên cứu, công ty thấy hình thức cũng như nội dung của quyết định trên là không phù hợp với bản án phúc thẩm ngày 26-7-2019 của TAND Cấp cao tại Đà Nẵng.