Tuy nhiên, theo đánh giá của chủ đầu tư, trong suốt quá trình triển khai dự án đến nay gặp rất nhiều khó khăn nên bị chậm tiến độ. Đó là trong việc giải phóng mặt bằng, do chính sách của Nhà nước về đền bù, giải phóng mặt bằng có nhiều thay đổi từ khi sáp nhập tỉnh Hà Tây với thành phố Hà Nội và việc áp dụng Nghị định 69/2009/NĐ-CP từ ngày 1/10/2009. Bên cạnh đó, Đồ án quy hoạch chung xây dựng Thủ đô Hà Nội đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050 có một số điều chỉnh so với quy hoạch đã được phê duyệt của dự án tạo ra những khó khăn nhất định cho Tập đoàn khi triển khai các bước tiếp theo.
Theo UBND huyện Phúc Thọ, Dự án đầu tư xây dựng đường trục phát triển kinh tế - xã hội Bắc – Nam, đoạn qua huyện Phúc Thọ cũng có nhiều khó khăn vướng mắc, đoạn đi qua huyện dài 6,4 km, do thuộc diện rà soát lại, dẫn đến tiến độ thi công chậm, ảnh hưởng đến sản xuất nông nghiệp, môi trường tại các xã Vân Phúc, Long Xuyên, Xuân Phú và Phụng Thượng.
Còn dự án xây dựng tuyến đường Tây Thăng Long đi qua 5 quận huyện; đoạn qua huyện Phúc Thọ quy mô đoạn qua địa phận huyện Phúc Thọ gần 14 km, tổng mức đầu tư dự kiến gần 1.500 tỷ đồng. Đến nay, huyện Phúc Thọ đã có văn bản đề xuất UBND thành phố giao huyện Phúc Thọ lập hồ sơ đề xuất chủ trương.
Về dự án cải tạo nâng cấp Quốc lộ 32 đoạn qua khu dân cư qua địa phận các xã Ngọc Tảo, Phụng Thượng, thị trấn Phúc Thọ, xã Thọ Lộc, xã Tích Giang với mức đầu tư gần 1.000 tỷ đồng. Hiện huyện đã đã lập đề xuất chủ trương đầu tư, gửi hồ sơ trình UBND thành phố phê duyệt.
Bên cạnh các dự án quan trọng trên, huyện Phúc Thọ còn có nhiều tuyến đường khác như: tỉnh lộ 417, 418, 419, 420, 421 và hàng nghìn km tuyến đường đê.
Phát biểu tại buổi làm việc, ông Nguyễn Phi Thường, Giám đốc Sở Giao thông Vận tải Hà Nội cho biết, dự án trục Bắc - Nam thành phố Hà Nội đặc biệt quan trọng để phát triển nhiều huyện trên tuyến. Tuy nhiên, nguồn lực để xây dựng hạn chế nên gặp không ít khó khăn. Vì vậy đề nghị Sở Kế hoạch và Đầu tư cần bố trí nguồn vốn, đồng thời cho phép đấu giá đất ở những nơi tuyến đường đi qua.
Ông Dương Đức Tuấn, Phó Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội nhấn mạnh, Phúc Thọ có vị trí chiến lược, trục phát triển chính của Thủ đô. Tai đây có nhiều trục giao thông kết nối trong ngoài. Tuy nhiên, năng lực hạ tầng còn thấp kém, khả năng liên kết thấp. Vì vậy, tới đây cần đâu tư và quy hoạch kết nối các tuyến đường, các địa phương với nhau phù hợp. Phát triển, kết nối có khoa học giữa nhiều tuyến như trục Tây Thăng Long; trục Bắc - Nam; tuyến đường sắt Nhổn - Ga Hà Nội...
Đối với trục Bắc - Nam ngoài kết nối 7 huyện, còn kết nối với tỉnh Vĩnh Phúc. Dự án có chức năng như những đường Vành đai 4, Vành đai 4,5, Vành đai 5. Vì vậy, dự án này cần đẩy nhanh và cần có những chủ trương, chính sách, cách làm đặc thù và cần tập trung nguồn lực đầu tư.
UBND thành phố cũng đang nghiên cứu để báo cáo HĐND để có những chính sách thuận lợi như tách riêng biệt công tác chuẩn bị đầu tư với giải phóng mặt bằng.
UBND thành phố cũng đang đẩy nhanh các công đoạn để tuyến đường được đẩy nhanh, để trong tương lai tuyến đường Bắc - Nam Hà Nội kết nối phát triển du lịch cho huyện Phúc Thọ và vùng phía Bắc Hà Nội.