Về động cơ thực hiện hành vi phạm tội của ông Chung, theo kết luận điều tra, Công ty Arktic do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ bị can Chung) bỏ 100% vốn (5 tỉ đồng) và làm thủ tục thành lập lấy tên con trai (Nguyễn Đức Hạnh) tham gia đứng tên trong Giấy đăng ký kinh doanh. Sau đó bà Hoa, nhờ bà Nguyễn Thị Bích Hằng đứng tên sở hữu 40% vốn điều lệ thay cho gia đình bị can Chung, còn bị can Nguyễn Trường Giang đứng tên sở hữu 60% vốn điều lệ.
Vì vậy, bị can Nguyễn Đức Chung chỉ đạo mua chế phẩm Redoxy 3C qua Công ty Arktic để Công ty Arktic được hưởng khoản lợi nhuận gộp không chính đáng số tiền hơn 36 tỉ đồng. Đồng thời, bị can Nguyễn Đức Chung yêu cầu bị can Giang lấy số tiền lợi nhuận từ Công ty Arktic tặng quà, tài trợ cho một số cơ quan, tổ chức nhằm đánh bóng hình ảnh, tên tuổi, phục vụ mục đích cá nhân của bị can Chung (Bệnh viện Xanh Pôn; Ban quản lý phố cổ Hà Nội; Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng quận Ba Đình; UBND tỉnh Sơn La; huyện Thanh Ba, tỉnh Phú Thọ; Trường Đại học FPT...).
Kết luận điều tra cho rằng, có đủ căn cứ xác định bị can Nguyễn Đức Chung là người chủ mưu trong việc dừng sử dụng hóa chất cũ để mua hóa chất mới; chỉ đạo bằng văn bản tiêu thụ độc quyền chế phẩm Redoxy 3C đã được hãng Watch Water GmbH đồng ý bán với giá 8,5 Euro/1 kg, mang lại lợi ích cho TP.
Tuy nhiên, bị can Nguyễn Đức Chung lại chỉ đạo miệng bị can Võ Tiến Hùng làm trái pháp luật mua qua Công ty Arktic (với giá 295.000 đồng/1 kg đến 326.000 đồng/1 kg), mang lại lợi ích không chính đáng cho Công ty Arktic (gia đình bị can Chung sở hữu 40% vốn điều lệ); can thiệp việc tạm ứng, thanh tra, tạo thuận lợi, bao che trong việc Công ty Arktic mua, bán chế phẩm Redoxy 3C.
Theo kết luận điều tra, việc Công ty Arktic làm thủ tục chuyển nhượng phần vốn góp lần thứ 3 từ Nguyễn Đức Hạnh sang bị can Nguyễn Trường Giang, Nguyễn Thị Bích Hằng (26/7/2016), lần thứ 6 chuyển trụ sở ra khỏi Siêu thị Minh Hoa của gia đình bị can Chung là thủ đoạn trốn tránh trách nhiệm.