Theo cáo trạng của VKSND TP HCM, ông Phan Minh Tân cùng các đồng phạm là Phan Thu Nga (cựu Trưởng Phòng Quản lý khoa học), Võ Thùy Linh (cựu Trưởng Phòng Kế hoạch tài chính), Nguyễn Quốc Thái (cựu Phó Trưởng Phòng Quản lý công nghệ), Khuất Duy Vĩnh Long và Chu Bá Long (cựu cán bộ Phòng Quản lý công nghệ) đã lợi dụng chức trách và nhiệm vụ được giao làm trái các quy định của nhà nước về quản lý và sử dụng vốn đầu tư công trong việc xét duyệt vay và hỗ trợ cho Công ty Huy Hoàng thực hiện 2 dự án không đúng quy định.
Vụ án gây thiệt hại nghiêm trọng cho ngân sách nhà nước, số tiền hơn 22,6 tỉ đồng.
Quá trình điều tra, bị cáo Tân kêu oan. Bị cáo Tân khai biết Công ty Huy Hoàng chưa đủ vốn tự có 30% và còn có một số hạn chế nhưng xét thấy lĩnh vực sản xuất chip điện tử đang được nhà nước khuyến khích, hiệu quả đối với kinh tế - xã hội cao... nên đánh giá dự án đạt.
Cạnh đó, bị cáo Tân cho rằng việc xét duyệt cho Công ty Huy Hoàng vay hàng chục tỉ đồng là đúng theo quy định.
Bị cáo Tân là Phó giáo sư, tiến sĩ, từng là giảng viên một trường đại học.