Tại FPT Schools, rất nhiều hoạt động được tổ chức do chính các em học sinh trực tiếp lên ý tưởng, điều phối và thực hiện mà trong đó, nhà trường chỉ đóng vai trò hỗ trợ và tư vấn, hướng dẫn.
Ở mỗi đơn vị trường trong hệ thống, FPT Schools đều có các câu lạc bộ thiện nguyện như IDo (THPT FPT Hà Nội), Sunshare Club (THPT FPT Đà Nẵng), Câu lạc bộ Thiện nguyện (THPT FPT Cần Thơ)... được học sinh gọi vui là “nơi tìm thấy những nụ cười 0 đồng” - nơi học sinh không chỉ được kết nối với những người có cùng đam mê mà còn có cơ hội phát triển các kỹ năng xã hội và đóng góp những giá trị tích cực tới cộng đồng.
Tại đây, các bạn học sinh gắn kết, cùng nhau tổ chức nhiều dự án lớn - nhỏ để mang niềm vui và tình cảm của mình đến với các bạn đồng trang lứa có hoàn cảnh khó khăn hơn, đặc biệt là ở khu vực vùng sâu vùng xa, có thể kể đến các dự án như Mùa trăng yêu thương, Bởi vì con có mẹ, Đưa em tới niềm vui, Thu gom quần áo cũ - Hướng về miền Trung thân yêu, Áo ấm cho em, Nuôi em...
Cùng với đó là các chương trình ngoại khóa, hoạt động gây quỹ thiện nguyện thường niên, tạo cơ hội cho các em học sinh trải nghiệm và đóng góp tích cực cho cộng đồng.
Các chương trình có thể kế đến như: chương trình Đập heo đất gây quỹ “Xuân yêu thương” cho Trung tâm Bảo trợ xã hội của trường THPT FPT Đà Nẵng; chương trình Hành trình cầu vồng của trường TH & THCS FPT Đà Nẵng, “Sống như những đóa hoa” của trường TH & THCS FPT Cầu Giấy... cùng nhiều hoạt động thiện nguyện ý nghĩa khác.