Triển khai kế hoạch thực hiện Quy hoạch mạng lưới đường sắt thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050, Bộ Giao thông vận tải đang triển khai lập quy hoạch chi tiết đường sắt khu vực đầu mối Hà Nội (quy hoạch có tính chất kỹ thuật, chuyên ngành); trong đó bao gồm Tổ hợp ga Ngọc Hồi với chức năng tích hợp vận tải đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam, các tuyến đường sắt quốc gia thông thường (đường sắt Bắc - Nam hiện có và đường sắt Vành đai phía Đông, phía Tây trong tương lai) và các tuyến đường sắt đô thị (Yên Viên - Ngọc Hồi; Nội Bài - Ngọc Hồi…).
Hiện nay, Bộ Giao thông vận tải đã hoàn thiện báo cáo đầu kỳ và đang làm việc, lấy ý kiến thành phố Hà Nội để hoàn thiện, trình cấp có thẩm quyền xem xét, phê duyệt, dự kiến hoàn thành trong năm 2024.
Đồng thời, giao Ban Quản lý dự án đường sắt tổ chức lập Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi tuyến đường sắt Vành đai phía Đông và đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam; UBND thành phố Hà Nội đã tiếp nhận hồ sơ để nghiên cứu triển khai lập Báo cáo nghiên cứu khả thi tuyến đường sắt đô thị số 1, đoạn Ngọc Hồi - Yên Viên.
Việc tiếp tục bố trí vốn thực hiện dứt điểm giải phóng mặt bằng Tổ hợp ga Ngọc Hồi và tiếp nhận diện tích đất đã giải phóng mặt bằng để đưa vào đầu tư sẽ được Bộ Giao thông vận tải và UBND thành phố Hà Nội thực hiện ngay sau khi các quy hoạch và dự án có liên quan được phê duyệt.
Đối với phần mặt bằng đã được giải phóng, trước mắt Bộ Giao thông vận tải đề nghị UBND thành phố Hà Nội quản lý để tránh tái lấn chiếm.
Theo Quy hoạch mạng lưới đường sắt đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, UBND thành phố Hà Nội được giao chủ trì nghiên cứu, đầu tư tuyến đường sắt đô thị số 1 từ Yên Viên đi Ngọc Hồi. Bộ Giao thông Vận tải đã chỉ đạo Ban Quản lý dự án đường sắt bàn giao hồ sơ, tài liệu của dự án đã nghiên cứu trước đây cho cơ quan chuyên môn thuộc thành phố Hà Nội để tiếp tục thực hiện. Bộ Giao thông Vận tải sẽ phối hợp chặt chẽ với thành phố Hà Nội trong quá trình triển khai tổng thể dự án đường sắt đô thị này.