Chu kỳ đánh giá tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục trong nước là 5 năm, được thực hiện trước khi giấy phép hoạt động của tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục hết thời hạn; chu kỳ đánh giá tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục nước ngoài hoạt động ở Việt Nam theo thời hạn ghi trên quyết định công nhận hoạt động kiểm định chất lượng giáo dục ở Việt Nam.
Quy trình đánh giá gồm: Tự đánh giá của tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục và đánh giá tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục của Bộ GD&ĐT.
Tiêu chí trong mỗi tiêu chuẩn được đánh giá ở mức đạt hoặc chưa đạt; tiêu chí được đánh giá ở mức đạt khi tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục đáp ứng được tất cả yêu cầu của tiêu chí.
Tiêu chuẩn được đánh giá ở mức đạt hoặc chưa đạt. Tiêu chuẩn 1 được đánh giá ở mức đạt khi có các tiêu chí 1.1, 1.2, 1.3, 1.4 và 1.5 được đánh giá ở mức đạt. Tiêu chuẩn 2 được đánh giá ở mức đạt khi có các tiêu chí 2.1, 2.2, 2.3 và 2.4 được đánh giá ở mức đạt. Tiêu chuẩn 4 được đánh giá ở mức đạt khi có các tiêu chí 4.1, 4.2, 4.3, 4.4 và 4.5 được đánh giá ở mức đạt. Tiêu chuẩn 3 và tiêu chuẩn 5 được đánh giá ở mức đạt khi có toàn bộ các tiêu chí trong tiêu chuẩn được đánh giá ở mức đạt.
Tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục được đánh giá ở một trong các mức: chưa đạt, đạt mức 1 hoặc đạt mức 2.
Được đánh giá mức chưa đạt nếu tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục có từ 1 tiêu chuẩn trở lên đánh giá ở mức chưa đạt. Được đánh giá đạt mức 1 khi tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục có tất cả các tiêu chuẩn được đánh giá ở mức đạt, trong đó còn có tiêu chí được đánh giá ở mức chưa đạt. Tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục được đánh giá đạt mức 2 khi có tất cả các tiêu chí được đánh giá ở mức đạt.
Kết quả đánh giá và kiến nghị của đoàn đánh giá là cơ sở để Bộ trưởng Bộ GD&ĐT xem xét việc gia hạn giấy phép hoạt động kiểm định chất lượng giáo dục cho tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục theo quy định của Chính phủ; làm căn cứ để tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục xây dựng và thực hiện kế hoạch cải tiến nhằm phát triển tổ chức, nâng cao chất lượng trong hoạt động kiểm định chất lượng giáo dục.
Trường hợp kết quả đánh giá tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục ở mức chưa đạt: Ngay sau khi có thông báo kết quả đánh giá tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục ở mức chưa đạt, tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục không thực hiện việc ký kết hợp đồng để thực hiện hoạt động kiểm định chất lượng giáo dục cho đến khi có văn bản xác nhận đáp ứng đạt mức 1 trở lên của cơ quan có thẩm quyền.
Tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục thực hiện việc cải tiến chất lượng để bảo đảm đạt mức 1 trở lên và gửi hồ sơ, báo cáo về Bộ GD&ĐT (qua Cục Quản lý chất lượng); trên cơ sở đó, Bộ trưởng quyết định thực hiện lại một số bước cần thiết quy định tại khoản 3 Điều 11 Thông tư này.
Kết quả đánh giá tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục được công khai trên Cổng thông tin điện tử của Bộ GD&ĐT.