Ông Lê Văn Sửu còn bị tố cáo việc trục lợi thanh toán tiền vượt giờ đến hàng trăm tiết. Cụ thể, năm học 2016, số tiết vượt giờ thực tế của ông Lê Văn Sửu là 67,5 tiết. Phòng Đào tạo, Quản lý khoa học và Hợp tác quốc tế đã tính số giờ giảng dạy và thanh toán tiền vượt giờ 175,5 tiết. Thanh tra Bộ xác minh và yêu cầu ông Lê Văn Sửu hoàn trả số tiền vượt giờ 108 tiết năm học 2015-2016 đã nhận về Ngân sách Nhà nước (qua Phòng Tài vụ của trường), đồng thời kiểm điểm trách nhiệm cá nhân.
Không những vậy, ông Lê Văn Sửu còn bị tố cáo với các nội dung như khoa Đồ họa làm mất điểm môn Marketing khiến sinh viên không thể tốt nghiệp, làm thất thoát nhiều tài liệu quý, đặc biệt là những tài liệu viết tay... Tuy nhiên, Thanh tra Bộ VHTTDL đã kết luận nội dung tố cáo đó chưa đủ cơ sở.
Năm 2019, ông Lê Văn Sửu còn vướng vào lùm xùm khi để một tác giả thực hiện bức phù điêu có hình của ông-hiệu trưởng trường ĐH Mỹ thuật Việt Nam. Phù điêu đó được đặt ngay ở gần cổng trường. Sau khi có nhiều ý kiến trái chiều, nhận định các nhà chuyên môn về mỹ thuật không đạt yêu cầu, ông Lê Văn Sửu phải yêu cầu tác giả gỡ bỏ bức phù điêu ấy.