Trường có 18 chương trình đã được kiểm định nên học phí so với chương trình đào tạo chuẩn cao hơn từ 1,3 – 2,3 lần. Trong đó, có 9 chương trình đã được kiểm định có mức học phí 20 triệu đồng/năm là Lịch sử, Chính trị học, Lưu trữ học, Triết học, Tôn giáo học, Nhân học, Ngôn ngữ học, Việt Nam học, Xã hội học;
Có 3 chương trình học phí 25 triệu đồng/năm là Văn học, Đông phương học, Khoa học Quản lý; những ngành học phí 30 triệu đồng/năm là Quản trị văn phòng, Quốc tế học, Tâm lý học; học phí cao nhất là 3 ngành: Báo chí, Quản trị khách sạn, Quan hệ công chúng với mức thu là 35 triệu đồng/năm.
Tương tự, Trường ĐH Ngoại ngữ, Trường ĐH Khoa học Tự nhiên mức học phí cũng dao động từ 15 triệu đồng/năm đến 35 triệu đồng/năm tùy chương trình đào tạo.
Trường ĐH Công nghệ có mức học phí từ 28,5 – 35 triệu đồng/năm
Trường ĐH Luật có mức học phí thấp nhất là trên 23 triệu đồng/năm và cao nhất là trên 28 triệu đồng/năm.
Khoa các khoa học liên ngành học phí từ 27 triệu đồng đến trên 28 triệu đồng/năm.
Trường Quản trị và Kinh doanh có mức học phí từ 23,5 triệu đồng đến 28 triệu đồng/năm.
Trường ĐH Giáo dục có mức thấp nhất trong khối các khoa, trường thuộc ĐH Quốc gia Hà Nội với mức thu từ 9,8 triệu đồng đến 11,7 triệu đồng/năm.