Việc mở lớp không chuyên khiến nguồn lực không tập trung, ngân sách đầu tư đến chưa đúng đối tượng thụ hưởng. Việc phân công giáo viên dạy cả lớp chuyên và không chuyên tạo nên sự chồng chéo, bất hợp lí trong chi trả phụ cấp ưu đãi theo Nghị định 61/2006/NĐ-CP.
Lớp không chuyên cũng có phần làm giảm chất lượng học tập của học sinh chuyên, đồng thời tiềm ẩn nhiều yếu tố tiêu cực trong tuyển sinh đầu vào. Nguyên tắc bình đẳng, không phân biệt đối xử trong giáo dục ít nhiều bị ảnh hưởng, khi học sinh hệ không chuyên thường bị định kiến là “công dân hạng hai”. Đây cũng là những lí do mà thời gian qua, dù được phép nhưng nhiều Sở GD&ĐT không mở lớp không chuyên trong trường chuyên, hoặc sau thời gian mở thí điểm thấy không hiệu quả, đã quyết định dừng.
Quy định không mở lớp không chuyên trong trường chuyên của Bộ GD&ĐT đã nhận được sự ủng hộ của đông đảo cán bộ quản lý, nhà giáo và những ai quan tâm đến sự nghiệp đào tạo nhân tài của nước nhà, bởi mục tiêu giáo dục trường chuyên rất khác biệt, đó là phát hiện, bồi dưỡng tài năng. Nếu mục tiêu phân tán, không chỉ khó tập trung nguồn lực mà còn dễ phát sinh các vấn đề phức tạp, tiêu cực trong công tác quản lý.
Thế nhưng việc thay đổi cũng cần có lộ trình để học sinh THCS biết và có sự chuẩn bị. Vì thế Thông tư 05/2023 quy định việc tuyển sinh vào các lớp không chuyên của trường THPT chuyên theo quy định tại Thông tư số 06/2012/TT-BGDĐT và Thông tư số 12/2014/TT-BGDĐT được thực hiện đến hết năm học 2023 - 2024.
Khởi động mùa tuyển sinh năm học 2023 - 2024 nhiều trường chuyên vẫn tranh thủ “chuyến tàu cuối” mở lớp không chuyên, việc này không có gì bất thường hay trái quy định. Tuy vậy, các trường cũng cần sớm có kế hoạch thực hiện theo Thông tư 05/2023 của Bộ, để trường THPT chuyên hoạt động đúng sứ mệnh, mục tiêu đề ra.