Vi phạm nêu trên là gây hậu quả nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, chính quyền địa phương nên Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức “cảnh cáo” đối với Đảng ủy Văn phòng UBND tỉnh nhiệm kỳ 2010 - 2015.
Liên quan đến vụ Lilama, Công an tỉnh Lào Cai đã khởi tố nhiều lãnh đạo, nguyên lãnh đạo tỉnh.
Liên quan đến nội dung vi phạm của Đảng ủy Văn phòng UBND tỉnh Lào Cai nhiệm kỳ 2010 - 2015, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy xem xét sai phạm của ông Hoàng Thanh Bình, đảng viên Chi bộ 2, Trưởng Phòng Kinh tế ngành, Văn phòng UBND tỉnh Lào Cai (nguyên Trưởng Phòng Kinh tế, nguyên Trưởng phòng và Phó Trưởng Phòng chuyên viên Kinh tế tổng hợp, Văn phòng UBND tỉnh).
Trong đó, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy nhận thấy, ông Hoàng Thanh Bình đã vi phạm quy chế làm việc của UBND tỉnh; thiếu trách nhiệm, báo cáo không đầy đủ ý kiến tham gia của các ngành liên quan về địa điểm quy hoạch mỏ và Dự án đầu tư nhà hàng, khách sạn của Công ty Lilama.
Ông Hoàng Thanh Bình trực tiếp tham mưu UBND tỉnh cấp Giấy chứng nhận đầu tư (lần 2) cho Công ty Lilama trái quy định của pháp luật về khoáng sản, đất đai, đầu tư.
Thời điểm ông Hoàng Thanh Bình vi phạm đến khi Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận là 10 năm 4 tháng, căn cứ Quy định số 69-QĐ/TW và Hướng dẫn số 05-HD/UBKTTW ngày 22/11/2022 của Ủy ban Kiểm tra Trung ương. Thời hiệu kỷ luật đối với ông Hoàng Thanh Bình đã hết nên Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy không ban hành quyết định kỷ luật đối với cá nhân ông Bình.
Liên quan đến vụ việc khai thác quặng apatit trái phép xảy ra từ năm 2012 đến 2015 tại thôn 2, xã Đồng Tuyển, thành phố Lào Cai, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Lào Cai đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với Nguyễn Mạnh Thừa - Giám đốc công ty TNHH Xây dựng Thương mại Lilama về các tội "Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên" và "Rửa tiền". Loạt cán bộ công ty Apatit Việt Nam cũng bị khởi tố về tội "Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên".
Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Lào Cai cũng tách vụ án hình sự về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” đối với nhiều cán bộ là nguyên Bí thư, Chủ tịch, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai cùng nguyên lãnh đạo các Sở Tài Nguyên và Môi trường, Sở Công thương.