Cơ quan điều tra cho rằng, Hằng đã có ý định ra tự thú. Tuy nhiên, do có sẵn mối quan hệ với Nguyễn Anh Tuấn (cựu Thiếu tướng, Phó Giám đốc Công an TP Hà Nội), nên Hằng bàn bạc với Sơn nhờ ông Tuấn tìm mối “lo” cho cả hai không bị xử lý hình sự.
Theo đó, khoảng cuối tháng 1/2022, Hằng tới nhà riêng của Tuấn, phố Đặng Thai Mai, quận Tây Hồ, trình bày sự việc. Ông Tuấn có mối quan hệ quen biết Hoàng Văn Hưng, Trưởng phòng điều tra thuộc Cục An ninh điều tra Bộ Công an, nên đã liên lạc qua điện thoại hỏi về trường hợp của Hằng, Sơn và được Hưng cho biết ông ta đang thụ lý vụ án và Hằng, Sơn là những đối tượng đang bị điều tra.
Sau cuộc điện thoại, nhận nhận thấy Hưng có thể “lo” cho Hằng và Sơn, ông Tuấn đã 5 lần “thiết kế” cho Hưng, Hằng gặp mặt nhau tại nhà riêng của mình.
Theo cơ quan điều tra, tại các lần gặp giữa 3 người (Tuấn, Hằng, Hưng), sau khi nghe Hằng trình bày toàn bộ sự việc liên quan đến quy trình và việc đưa hối lộ để xin cấp phép thực hiện các chuyến bay Combo, Hưng đã hướng dẫn Hằng và thông qua Hằng hướng dẫn Sơn cách thức khai báo.
Ngoài ra, Hưng còn yêu cầu Hằng viết tường trình về việc đưa hối lộ cho các cán bộ để xin cấp phép thực hiện các chuyến bay Combo, mỗi đơn vị một bản tường trình riêng, không ghi ngày tháng, đưa cho Hưng xem trước.
Giữa tháng 2/2022, Hằng viết đơn tố cáo gửi đến Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an trình bày việc đã đưa tiền cho các đơn vị có thẩm quyền trong cấp phép thực hiện các chuyến bay Combo, trong đó Hằng đề nghị được làm việc với Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an. Trong thời gian này, Hằng đã đưa cho ông Tuấn 200.000 USD để ông Tuấn đưa trước cho Hưng chi phí.
Sau lần nghe ông Hưng hỏi “Có quyết tâm cứu Sơn hay không?”, Hằng hiểu rõ ông Hưng gợi ý nếu “quyết tâm cứu Sơn” thì phải chi một khoản tiền lớn. Do đã bàn bạc, thống nhất trước với Sơn nên Hằng đề nghị ông Hưng tìm mọi cách giúp đỡ, thông báo chi phí để bà ta chuẩn bị. Ông Hưng sau đó nói với ông Tuấn và Hằng là sẽ gặp gỡ, tác động để cơ quan chức năng “ủng hộ” việc không xử lý hình sự đối với Sơn. Giai đoạn này, theo yêu cầu của ông Hưng, Hằng đã đưa cho ông Tuấn 5 lần với tổng số tiền 1 triệu USD để chuyển cho ông Hưng.
Từ tháng 8 - 9/2022, ông Hưng tiếp tục gặp Hằng và ông Tuấn, hướng dẫn Hằng một số nội dung khai báo. Thời gian này, Hằng tiếp tục chuyển cho ông Tuấn 600.000 USD để đưa cho ông Hưng.
Đến giữa tháng 9/2022, ông Hưng từ Trưởng phòng Phòng Điều tra sang làm Trưởng phòng Phòng Chính trị Hậu cần, không còn tham gia điều tra vụ chuyến bay giải cứu. Tuy nhiên, ông Hưng vẫn trao đổi với ông Tuấn, gặp gỡ Hằng và cung cấp thông tin sai sự thật về vai trò của mình để yêu cầu bà này tiếp tục đưa tiền.
Theo hồ sơ vụ án, đầu tháng 10/2022, Hưng nói “phải phục vụ cuộc họp đánh giá chứng cứ về Hằng và Sơn”, nên yêu cầu ông Tuấn nói với Hằng chuẩn bị tiền. Nhân dịp đó, ông Tuấn nhắn Hằng chuẩn bị 200.000 USD để đưa cho ông Hưng.
Sau thời gian này, ông Hưng tiếp tục tạo lý do như: Viện kiểm sát rất căng thẳng với Sơn hay một số điều tra viên có quan điểm phải xử lý Sơn, và yêu cầu ông Tuấn nhắn Hằng đưa tiếp tiền để quyết tâm cứu Sơn...
Đến ngày 6/1 và 11/1/2023, lần lượt ông Tuấn và ông Hưng bị bắt, còn bà Hằng bị khởi tố vào giữa tháng 3/2023. Quá trình điều tra, Hằng và Sơn khai có 13 lần đưa cho ông Tuấn, tổng cộng 2,65 triệu USD (tương đương 61,6 tỷ đồng). Ông Tuấn khai, giữ lại 400.000 USD, còn đã đưa 2,25 triệu USD cho ông Hưng.
Dù ông Hưng khai không nhận bất kỳ khoản nào, song Cơ quan điều tra có đủ căn cứ xác định ông Hưng nhận 800.000 USD của bà Hằng thông qua ông Tuấn, còn khoản tiền hơn 1,4 triệu USD chưa được làm rõ.
Với những sai phạm trên, bà Nguyễn Thị Thanh Hằng, ông Lê Hồng Sơn bị đề nghị truy tố về tội “Đưa hối lộ”; ông Nguyễn Anh Tuấn bị đề nghị truy tố về tội “Môi giới hối lộ”, còn Hoàng Văn Hưng bị đề nghị truy tố về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.