Tuyến TP HCM – Tây Ninh (định hướng kéo dài lên cửa khẩu Mộc Bài và Xa Mát) sẽ kết nối với đường sắt TP HCM - Mỹ Tho - Cần Thơ tại ga Tân Chánh Hiệp, chiều dài khoảng 139 km, trong đó đoạn từ ga Tân Chánh Hiệp kết nối ga Trảng Bàng với đường đôi, khổ 1.435 mm, chiều dài khoảng 40 km.
Tuyến đường sắt nhẹ Thủ Thiêm - sân bay Quốc tế Long Thành đi qua địa bàn TP HCM và Đồng Nai với tổng chiều dài 37,35 km. Điểm đầu Ga Thủ Thiêm (km 0+00) thuộc phường An Phú, TP Thủ Đức, TPHCM; điểm cuối ga cảng hàng không Quốc tế Long Thành (được bố trí tích hợp trong nhà ga hàng không).
Trên tuyến bố trí tổng cộng 18 ga, trong đó đoạn qua địa bàn tỉnh Đồng Nai có 11 ga. Quy mô, xây dựng đường sắt đôi, khổ 1435mm, đường sắt trên cao, điện khí hóa, hoàn thành trước 2030.
Đường sắt chuyên dụng ra cảng Hiệp Phước với chiều dài khoảng 38 km.
Ngoài ra, dự thảo quy hoạch còn kiến nghị bổ sung một số nội dung để tăng tính kết nối của mạng lưới đường sắt đi qua thành phố bao gồm bổ sung đoạn nối ga Hòa Hưng - ga Tân Kiên, dài 16,1km; đoạn từ ga An Bình, Hòa Hưng, Tân Kiên hoạt động như đường sắt đô thị.
Bổ sung tuyến kết nối ga Tân Kiên và ga Thủ Thiêm qua đoạn trên cao dọc Nguyễn Văn Linh, dài 27,5 km và bổ sung ga hành khách tại Phú Mỹ Hưng.
Dưới đây là mạng lưới đường sắt qua TP HCM: