Điều kiện dự thi vào Trường THPT chuyên Nguyễn Trãi gồm: ngoài các tiêu chí giống với thi THPT công lập, thí sinh phải xếp loại hạnh kiểm, học lực của các cấp THCS đạt từ khá trở lên; xếp loại tốt nghiệp THCS từ khá trở lên.
Trước đó, Sở GD&ĐT đã xây dựng cấu trúc đề thi của 8 môn, theo khung kế hoạch dạy học chương trình THCS, chủ yếu chương trình lớp 9. Các bài thi môn Toán và Ngữ văn làm theo hình thức tự luận. Môn thi thứ 3 làm bài theo hình thức trắc nghiệm trong thời gian 60 phút.
Hiện, có hơn 20 tỉnh, thành phố trong cả nước đã công bố phương án tuyển sinh lớp 10 THPT công lập năm học 2024-2025, chủ yếu 3 môn thi Toán, Ngữ văn và Ngoại ngữ.