Bộ KH&ĐT đã dự kiến phát triển vùng ĐBSH với 3 nhóm định hướng lớn như: phát triển kết cấu hạ tầng vùng, trọng tâm về giao thông kết nối liên vùng, đường bộ cao tốc liên vùng và nội vùng; các tuyến đường Vành đai 4, Vành đai 5 vùng Thủ đô; đường sắt tốc độ cao, hạ tầng cảng biển, cảng hàng không…
Bên cạnh đó, Bộ trưởng Bộ KH&ĐT cũng đề xuất nghiên cứu các cơ chế, chính sách huy động hiệu quả nguồn lực từ mọi thành phần kinh tế vào đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng vùng, nhất là hạ tầng giao thông, phân cấp cho các địa phương chủ động thực hiện các dự án liên vùng kết nối. Nghiên cứu hình thành Quỹ phát triển hạ tầng vùng để đầu tư xây dựng các dự án liên vùng.
Bộ KH&ĐT đề xuất nghiên cứu cho phép phát hành trái phiếu quốc tế hoặc vay ODA để đầu tư đồng bộ các tuyến đường sắt đô thị của Hà Nội hoặc cho phép áp dụng các mô hình phát triển đô thị theo định hướng phát triển giao thông (TOD) cho các tuyến đường sắt đô thị, đường sắt tốc độ cao liên vùng và các trục giao thông chính của vùng gắn với hành lang kinh tế. Điều này giúp khai thác tối đa không gian ngầm, mở rộng không gian phát triển, giải quyết các vấn đề của đô thị nén như ách tắc giao thông, ngập úng, ô nhiễm môi trường …
Đặc biệt, Bộ KH&ĐT cũng đề xuất liên kết các khu công nghiệp, khu kinh tế ven biển để hợp tác phát triển, từng bước hình thành cụm liên kết ngành công nghiệp phụ trợ trong lĩnh vực điện, điện tử, thay vì cạnh tranh, triệt tiêu lẫn nhau.
Tập trung giải quyết căn bản các vấn đề môi trường, nhất là rác thải, khí thải, ô nhiễm tại các dòng sông, tình trạng ngập úng ở Hà Nội, Hải Phòng và các đô thị lớn. Quy hoạch và có cơ chế, chính sách để di chuyển, xây dựng mới các bệnh viện, trường đại học tại các địa phương lân cận để giảm tải áp lực đối với hạ tầng xã hội, ùn tắc giao thông tại Hà Nội.