Tuy nhiên, bất ngờ lớn hơn đến từ một phân tích riêng biệt, so sánh các bộ gien người Ấn Độ hiện đại này với hai loài người đã tuyệt chủng Neanderthals và Denisovans.
Họ là hai loài cùng thuộc chi Homo (chi Người) với loài Homo sapiens chúng ta. Đã có giao phối dị chủng xảy ra trong lịch sử tiến hóa, giữa nhiều nhóm của mỗi loài với nhau, mà bằng chứng chính là một ít DNA dị chủng tồn tại trong chúng ta.
Kết quả cho thấy người Ấn Độ ngày nay thừa hưởng 1%-2% DNA của cả hai loài người cổ này, với mức độ phong phú đáng kinh ngạc. Gần 90% gien của người Neanderthals ngoài châu Phi từng được biết đến đều nằm trong cơ thể những người Ấn Độ hiện đại.
Các mối quan hệ phức tạp cũng tiết lộ về một cuộc di cư lớn từ châu Phi cách đây 50.000 năm, tuy nhiên không rõ DNA của người Homo sapiens đã được hòa trộn như thế nào với DNA Neanderthals và Denisovans trong suốt chặng đường đó, cũng như con đường cụ thể họ đã đi.
Có thể hai loài người cổ này đã từng hiện diện ở Nam Á trước khi Homo sapiens đến và nảy sinh giao phối dị chủng.
Cũng có thể các loài này gặp nhau trên con đường di cư và cả tại "cố hương" châu Phi - có lẽ là nhiều lần - khiến DNA Homo sapiens của người Ấn Độ được hòa trộn với nhiều quần thể Neanderthals và Denisovans khác nhau.
Đó là một phát hiện mới, hứa hẹn là tiền đề cho những phát hiện giúp định hình lại lịch sử nhân loại.