Quy hoạch đường sắt chuyên dụng kết nối trung tâm logistic Tam Điệp với ga Đồng Giao dài 3,5 km với vai trò kết nối trực tiếp, vận chuyển hàng hóa từ các khu công nghiệp Tam Điệp I và Tam Điệp II với vận tải đường sắt.
Hồ sơ cũng đưa ra phương án phát triển hệ thống ga đường sắt. Theo đó, đối với đường sắt Hà Nội - TP HCM, tỉnh dự kiến cải thiện chất lượng dịch vụ và hạ tầng 4 ga đường sắt gồm: Ninh Bình (mở rộng lên 10.000 m²), Cầu Yên (tối thiểu khoảng 3.000 m²), Ghềnh (giữ nguyên quy mô, nâng cấp cơ sở hạ tầng) và Đồng Giao (tối thiểu khoảng 3.000 m²).
Dự thảo quy hoạch các ga đường sắt Hà Nội - TP HCM tại tỉnh Ninh Bình:
Đối với đường sắt tốc độ cao, dự kiến bố trí một ga hành khách quy mô khoảng 50.000 m2 tại xã Khánh Thượng, huyện Yên Mô nhằm kết nối với các tuyến đường cao tốc tạo nên một mạng lưới giao thông tốc độ cao.
Về phương án phát triển sân bay chuyên dụng/cảng hàng không, trong quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng hàng không, sân bay toàn quốc thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050, tỉnh Ninh Bình không có sân bay quy hoạch.
Tuy nhiên, với định hướng là một tỉnh phát triển du lịch cấp Quốc gia với quy hoạch phát triển đẩy mạnh thu hút khách du lịch quốc tế, tỉnh dự kiến xây dựng sân bay chuyên dụng tại xã Khánh Thủy và Khánh Nhạc, huyện Yên Khánh phục vụ du lịch, dự trữ quỹ đất 300 - 500 ha phục vụ phát triển sân bay trong tương lai.