Trong khâu tổ chức thực hiện Sở GD&ĐT yêu cầu: Về phía Sở sẽ thường xuyên theo dõi, nắm tình hình; tham mưu lãnh đạo Sở điều chỉnh nội dung tiêu chí cho phù hợp (nếu có bất cập, khó khăn). Hằng năm báo cáo UBND tỉnh, Bộ GD&ĐT kết quả xây dựng trường học Xanh, Sạch, Đẹp, An toàn, Hạnh phúc…
Phòng GD&ĐT các huyện, thành phố căn cứ vào văn bản hướng dẫn các đơn vị trực thuộc thực hiện có hiệu quả; phù hợp với từng cấp học và điều kiện thực tiễn tại địa phương. Phối hợp với các cấp, ngành, đoàn thể và chính quyền địa phương trong chỉ đạo, kiểm tra, đánh giá và huy động các nguồn lực trong xã hội hỗ trợ các trường học xây dựng trường học Xanh, Sạch, Đẹp, An toàn, Hạnh phúc.
Hằng năm, tổ chức kiểm tra việc thực hiện và tổ chức đánh giá các trường MN, TH, THCS trực thuộc; đưa nội dung công tác xây dựng trường học Xanh, Sạch, Đẹp, An toàn, Hạnh phúc là một trong các tiêu chí đánh giá thi đua các cơ sở giáo dục, đảm bảo 100% trường học đều được Phòng GD&ĐT tổng hợp đánh giá; báo cáo kết quả về Sở GD&ĐT trước 10/6 trong Báo cáo tổng kết năm học.
Đối với các trường học, cơ sở giáo dục: Căn cứ hướng dẫn của Sở GD&ĐT, phòng GD&ĐT thành lập Ban Chỉ đạo cấp trường, xây dựng kế hoạch, triển khai thực hiện, gắn với xây dựng trường đạt chuẩn quốc gia; chương trình mục tiêu quốc gia về xây dựng nông thôn mới, đô thị văn minh.
Hằng năm tổ chức tự đánh giá theo các tiêu chuẩn, tiêu chí; chủ động, phối hợp với các cấp, ngành, đoàn thể, chính quyền địa phương kịp thời khắc phục, bổ sung…