Tuy nhiên tại tòa, Kiên thể hiện thái độ ăn năn hối cải. Tổng số tiền bị cáo đã trả lại và cùng gia đình khắc phục là hơn 42,2 tỉ đồng.
Trên cơ sở chính sách nhân đạo của pháp luật, hội đồng xét xử thấy không cần thiết phải áp dụng hình phạt loại bỏ vĩnh viễn bị cáo Phạm Trung Kiên khỏi đời sống xã hội, mà mức án khác cũng đủ sức răn đe.
Trước đó, trong phần luận tội, viện kiểm sát đánh giá cựu thư ký thứ trưởng Bộ Y tế nhận hối lộ với "thủ đoạn trắng trợn nhất" nên đề nghị mức án tử hình.
Phạm Trung Kiên là người duy nhất bị đề nghị mức án kịch khung trong nhóm tội nhận hối lộ. Kiên bị cáo buộc nhận hối lộ nhiều nhất trong vụ án này, với 253 lần, nhận tổng số tiền 42,6 tỉ.
Quá trình điều tra và xét xử vụ án, Phạm Trung Kiên đã trả lại tiền cho một số doanh nghiệp và cùng gia đình nộp tiền khắc phục, tổng 42,2 tỉ đồng.
Theo viện kiểm sát, ông Kiên được giao nhiệm vụ thư ký thứ trưởng Bộ Y tế nhưng đã lợi dụng chức vụ được giao, gây khó khăn cho các đại diện tham gia chuyến bay combo và chuyến bay giải cứu để các doanh nghiệp phải đưa tiền theo yêu cầu.
Khi vụ án bị khởi tố, để che giấu hành vi phạm tội, ông Kiên đã chuyển trả lại tiền cho một số người và nhờ họ khai báo số tiền đó là vay mượn cá nhân. Từ các nhận định trên, viện kiểm sát cho rằng cần áp dụng hình phạt nghiêm khắc nhất đối với cựu thư ký thứ trưởng.
Khi trả lời thẩm vấn và tự bào chữa, Kiên tiếp tục khẳng định mình "không thúc ép doanh nghiệp đưa tiền".
Phạm Trung Kiên nói mình day dứt xin nhận tội trước nhân dân, Đảng, Nhà nước và xin giảm nhẹ hình phạt vì mức án đề nghị tử hình "nghiệt ngã với cuộc đời bị cáo".
Ở phía buộc tội, nêu quan điểm đối đáp, viện kiểm sát nhận định hành vi của Phạm Trung Kiên cũng như các bị cáo làm mất đi ý nghĩa của chuyến bay giải cứu, gây bất bình trong nhân dân và "phản bội lại sự cố gắng của cả hệ thống chính trị, Đảng, Nhà nước, nhân dân".
Viện kiểm sát khẳng định hành vi của ông Kiên là nhận hối lộ, "nhận 253 lần thì không thể nói là vô ý được" để phản bác quan điểm bào chữa cho rằng "bị cáo vô ý nhận hối lộ, không nhận thức hết hành vi của mình".